通常业务包括如下几类：代理商检、代理仓储、代理报关或清关、代理国际运输、代理收付外汇、代理国际保险、出口退税垫付等。
也有一些专业进出口代理公司在完善整个工体系后，大力开展代理产品的对内及对对外销售与代理国际采购等工作。这类公司不但要了解外贸活动中的法律与规则，更要在协调好多个方系的基础上与相关部门保持良好的沟通，更要随时了解国际贸易动向和国家对外贸政策的临时变动。
每一项工作实际都并不是很困难却需要操作人员有综合性的知识结构与优秀的协调能力，一家好的进出口代理公司可以帮助客户大大减少不必要的成本或得到更多的订单，但一家不专业的进出口代理公司也会使委托人承受巨大的损失。
进出口代理公司的诚信度与口碑自然是非常关键的，这不仅仅是指委托人能不能在外贸活动中顺利通行，更涉及到货物与资金的安全问题。
成交订约
外贸分公司经由交易会等途径通过谈判成交，签订合同后，由外贸分公司据以开出要货通知单代替合 同副本通知工厂，考虑作生产准备。
来证
国际贸易通常运用信用证进行结算，一般惯例要等外商通过银行寄来信用证，这笔交易才算落实。在合同中，应订明来证期限，到期不来，外贸公司应负责催证。
外贸审证
信用证经银行初步审核后，外贸公司还要根据原 订合同条款进行审核，通过审核后将正本留下，以备今后交单要求支付，并将副本转送工厂。工厂见到信 用证后，再正式安排车间投产既无风险。工厂生产备 货完成，即填写交货通知单，将产品送交外贸公司所 属仓库。
外贸出运
外贸公司仓库接货后，有关科组即着手办理出运，包括租船、订舱、申请商检、投保保险、装 箱刷暖、缮制单证、向海关报关等。
报关
由经海关考试合格的专职报关员填写报关单，附具有关单证报请海关监管查验，通过缴纳关税后放行。报关单加一联退税专用的证明联。 此外，还要附送出口收汇核销单，经海关加盖放行章后取回，向外汇管理局报送一联备核销。
交单议付
外贸公司办完上述手续取得海运提单等单证后，连同信用证正本一齐到中国银行等 外汇银行要求议付。银行经审查单证，确悉单证一致，单单一致后，即垫付货款， 而自行将单证寄送国外索偿归垫。
结汇
外汇银行议付时，按当天买入牌价将外汇折合人民币填制结汇通知单，扣去手续费等划付外贸公司。
划款
外贸公司收到结汇款后，扣除原来垫付的装运、保险、商检费等等费用及其代理手续费后，填制《划款结算单》，将净额划付工厂。
退税
在产品报关出口并在财务上做销售处理后，由委托企业按月、旬填写“出口产品退税申请表”，同时提供发货票等有关证明(复印件)，并附代理单位开具的“代理出口产品证明”向企业所在地主管出口退税的税务机关申请退税。
入账
工厂财务科根据外贸公司转来的外销发票，划款 通知单及退税单等先后作成相应会计分录并及时入帐。
进出口代理收费一般是参照以下几个方面：
1.商品类型 2.商品数量 3.贸易额 4.结算方式(L/C,T/T,D/P)5.贸易国别 6.担保模式(保证金，抵押)7. 资金周期时间 8. 上下流企业信用状况等
收费标准：代理公司会收取代理费,一般是货值的千分之一至五左右，但有也少数高于这个价格的例外,也有低于千分之一的，具体根据代理进出口的产品而确定。
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