自2015年10月1日新《食品安全法》以及与其配套的《食品经营许可管理办法》实施以来，原来分属不同部门的《餐饮服务许可证》和《食品流通许可证》开启“两证合一”的管理模式。今年1月13日，国务院常务会议决定，整合饭馆、咖啡馆、酒吧、茶座4类餐饮服务公共场所的卫生许可证和食品经营许可证,由食品药品监管部门一家许可、统一监管,并承担相应行政责任。餐饮服务公共场所的卫生许可证和食品经营许可证的“两证合一”进入快速整合阶段。按照国家食品药品监督管理总局的工作部署，2016年一季度要在全国范围内完成《食品经营许可证》的换证工作。
三证合一指的是营业执照、组织机构代码证和税务登记证。食品流通许可证现在改为食品经营许可证了，不在三证合一之内，需要单独到当地食品药品监督管理部门办理。
第九条 申请食品经营许可，应当先行取得营业执照等合法主体资格。
企业法人、合伙企业、个人独资企业、个体工商户等，以营业执照载明的主体作为申请人。
机关、事业单位、社会团体、民办非企业单位、企业等申办单位食堂，以机关或者事业单位法人登记证、社会团体登记证或者营业执照等载明的主体作为申请人。
第十条 申请食品经营许可，应当按照食品经营主体业态和经营项目分类提出。
食品经营主体业态分为食品销售经营者、餐饮服务经营者、单位食堂。食品经营者申请通过网络经营、建立中央厨房或者从事集体用餐配送的，应当在主体业态后以括号标注。
食品经营项目分为预包装食品销售(含冷藏冷冻食品、不含冷藏冷冻食品)、散装食品销售(含冷藏冷冻食品、不含冷藏冷冻食品)、特殊食品销售(保健食品、特殊医学用途配方食品、婴幼儿配方乳粉、其他婴幼儿配方食品)、其他类食品销售;热食类食品制售、冷食类食品制售、生食类食品制售、糕点类食品制售、自制饮品制售、其他类食品制售等。
列入其他类食品销售和其他类食品制售的具体品种应当报国家食品药品监督管理总局批准后执行，并明确标注。具有热、冷、生、固态、液态等多种情形,难以明确归类的食品，可以按照食品安全风险等级最高的情形进行归类。
国家食品药品监督管理总局可以根据监督管理工作需要对食品经营项目类别进行调整。
第十一条 申请食品经营许可，应当符合下列条件：
(一)具有与经营的食品品种、数量相适应的食品原料处理和食品加工、销售、贮存等场所，保持该场所环境整洁，并与有毒、有害场所以及其他污染源保持规定的距离;
(二)具有与经营的食品品种、数量相适应的经营设备或者设施，有相应的消毒、更衣、盥洗、采光、照明、通风、防腐、防尘、防蝇、防鼠、防虫、洗涤以及处理废水、存放垃圾和废弃物的设备或者设施;
(三)有专职或者兼职的食品安全管理人员和保证食品安全的规章制度;
(四)具有合理的设备布局和工艺流程，防止待加工食品与直接入口食品、原料与成品交叉污染，避免食品接触有毒物、不洁物;
(五)法律、法规规定的其他条件。
第十二条 申请食品经营许可，应当向申请人所在地县级以上地方食品药品监督管理部门提交下列材料：
(一)食品经营许可申请书;
(二)营业执照或者其他主体资格证明文件复印件;
(三)与食品经营相适应的主要设备设施布局、操作流程等文件;
(四)食品安全自查、从业人员健康管理、进货查验记录、食品安全事故处置等保证食品安全的规章制度。
利用自动售货设备从事食品销售的，申请人还应当提交自动售货设备的产品合格证明、具体放置地点，经营者名称、住所、联系方式、食品经营许可证的公示方法等材料。
申请人委托他人办理食品经营许可申请的，代理人应当提交授权委托书以及代理人的身份证明文件。
第十三条 申请人应当如实向食品药品监督管理部门提交有关材料和反映真实情况，对申请材料的真实性负责，并在申请书等材料上签名或者盖章。
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