《企业国有资产交易监督管理办法》对其有相应的规定：
第三十七条 企业增资应当由增资企业按照企业章程和内部管理制度进行决策，形成书面决议。国有控股、国有实际控制企业中国有股东委派的股东代表。
应当按照本办法规定和委派单位的指示发表意见，并将履职情况和结果及时报告委派单位。企业增资在完成决策批准程序后，应当由增资企业委托具有相应资质的中介机构开展审计和资产评估。
一、股东实际缴存金额超过认缴的注册资本金额应该如何处理？
不能一概而论，应该根据股东的意愿：作为资本公积参与公司运行或者作为负债适当的时候归还。
二、这种情况验资报告怎么写？
相信正常的验资报告会写吧。
报告正文的意见段仍然按实收资本金额表述："经审验，截至xx年xx月xx日止，公司已经收到全体股东缴纳的新增注册资本(实收资本)合计人民币1000万元。其中货币出资……
同时我们注意到，……截至x年x月x日止，变更后的累计注册资本5500万元，实收资本5500万元"
在报告的附件(验资事项说明第三部分：审验结果)里要说明超缴的部分如何处理："截至xxxx年x月x日止，公司收到甲方乙方缴纳的新增注册资本(实收资本)1000万元，新增实收资本占新增注册资本100%。
(一)甲方实际缴存人民币2000万元，已于x年x月x日存入……xx银行开立的账户。其中新增注册资本1000万元，超过部分1000万元经过全体股东一致同意作负债处理[或者写：做资本公积处理]
…………
三、如果进账单就是一笔，银行询证函只能填2000万元，用途肯定写出资款，银行没办法分开的。
股东要给我们一张书面说明，或者在股东会决议里就写清楚，或者搞一个资产分割单等等。
扩展资料：
《企业国有资产交易监督管理办法》相关法条：
第四十条 企业增资涉及上市公司实际控制人发生变更的，应当同时遵守上市公司国有股权管理以及证券监管相关规定。
产权交易机构接受增资企业的委托提供项目推介服务，负责意向投资方的登记工作，协助企业开展投资方资格审查。
第四十二条 通过资格审查的意向投资方数量较多时，可以采用竞价、竞争性谈判、综合评议等方式进行多轮次遴选。结合意向投资方的条件和报价等因素审议选定投资方。
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