1996年被批准为临床医学博士后流动站;2000年被批准为口腔医学博士后流动站;1998年被批准为全国首批开展临床医学博士、硕士专业学位试点单位。学院共有10个学科、19个专业招收博士研究生，21个学科、33个专业招收硕士研究。现有博士研究生导师89名、硕士研究生导师160名，每年招收研究生200余名、进修生1000余名，有实习生200余名。
医院具有良好的科研条件，每年承担国家和军队科研课题200余项。1980年以来，共获得国家、军队科技成果奖励1000余项。每年发表学术论文1600余篇。医院主办的《军医进修学院学报》，编辑出版的《中国医院感染学杂志》、《中华肝胆外科杂志》、《中国医学影像学杂志》、《中国激光医学杂志》8种被列为国家核心期刊。
医院与60多个国家和地区的医学院校、医疗科研单位开展了广泛的学术交流和技术合作，每年有400多名技术人员出国进修和技术合作，有400多名国外专家来院访问、讲学。先后聘请了180余名国外著名学者担任名誉教授和技术顾问。
1、第一军医大学
广东省广州市，占地面积86万平方米，建筑面积50多万平方米，是一所全国重点医科大学。1999年原广州医学高等专科学校并人第一军医大学。2004年8月整体移交广东省，更名为南方医科大学。
2、第二军医大学
隶属解放军总后勤部。校址位于上海市东北部文教商业中心地区，毗邻复旦、同济、财大等高校。学校占地110万余平方米，建筑面积达67万余平方米。
3、第三军医大学
这是一所高等医学院，也是全国重点大学之一。学校位于重庆。1954年，它被第六军医大学和第七军医大学合并。1999年，成都医学院并入第三军医大学。
4、第四军医大学
创建于1941年，1952年10月命名为中国人民解放军第四军医大学。学校地址在西安市长乐西路17号。
5、武装警察部队医学院
它是武装警察部队中唯一一所培训医疗卫生人员的高等院校。该学院位于天津市中心，占地696.4亩。
6、白求恩军医学院
它有50多年的历史，于1999年命名。这是一所培养初级和中级卫生专业技术干部的医学院。学校位于河北省石家庄市，占地15.7公顷，建筑面积超过10万平方米。
7、军医进修学院
主要负责培养中央直属单位、二炮和国防科技工委等的卫生技术干部。这所学校创建于1949年，现在位于北京丰台。由解放军总医院管理。
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