根据国税发〔2006〕187号文件第三条第一项规定，房地产开发企业将开发产品用于职工福利、奖励、对外投资、分配给股东或投资人、抵偿债务、换取其他单位和个人的非货币性资产等，发生所有权转移时应视同销售房地产，其收入按下列方法和顺序确认：
1.按本企业在同一地区、同一年度销售的同类房地产的平均价格确定。
2.由主管税务机关参照当地当年、同类房地产的市场价格或评估价值确定。
一、对收入的认识
房管局与贵公司的调换协议书就是转让协议书，转让价款应该包括(安置房+现金收入)。
安置房部分应该做为视同销售收入(请参考会计准则第7号-非货币性交易，企业所得税法实施条例第13条)。我觉得税务局的主张的对的。
二、如何交税
那么我觉得针对这个业务，关键还是如何交税的问题。
1、我记得如果是政策性搬迁，就免征营业税及附加税、土地增值税。所以这一块应该不产生税金。
2、契税应该也有免税名减税的优惠，这一块各个地方都不一样，所以请咨询当地的房管局。
3、企业所得税：这个就是问题了。按新政策，贵公司得到的房款部分(视同销售部分)应该是免税的。现金部分应做为当年的营业外收入了。是不是交税得看一看当年你们有没有利润了。
这里的最关键问题是如何得到政策性搬迁认可。
好像是1、应该有县以上政府的规划文件。2、补偿收入必须从财政局划拨过来。3、必须有评估报告。
1、对这一项经济利益的取得目前较常见的有以下几种处理方式：
(1)挂账不处理。
在收到拆迁补偿费时记入“其他应付款”科目，形成的拆(搬)迁费用、重置资产费用直接冲减“其他应付款”，余额挂账不处理。
(2)增加企业资本公积。
视为接受捐赠直接记入“资本公积”，发生的拆(搬)迁费用直接计入当期损益，重置资产计入固定资产，但不能真实反映当期利润水平。
(3)冲减新购建资产的入账价值。
在拆(搬)迁后重新购置资产时，将收到的拆迁补偿费直接冲减重置资产成本。这种方法不能真实反映资产的原始价值，而且一旦补偿费大于重置资产购置成本时，没有规定重置资产的原值该如何计量。
(4) 作为“补贴收入”入账。在收到拆迁补偿费时一律作为“补贴收入”，以便于年底进行所得税调整，但这种处理缺乏依据。
(5)不入账。有的单位在收到拆迁补偿费后，误认为该笔款项无需核销，将其列入单位“小金库”。
2、根据财政部《关于企业收到政府拨给的搬迁补偿费有关财务处理问题的通知》[财企(2005)123号]的规定，拆迁补偿费是指因拆(搬)迁事件的发生而对旧资产清理、毁损、报废损失和拆(搬)迁各项费用的补偿以及新资产重置成本的补助。
其具体内容包括： 因拆(搬)迁而清理的固定资产的净损失; 因拆(搬)迁而发生的拆卸、运输、安装调试费用; 作为资产单独入账的土地使用权; 拆(搬)迁期间的停工损失; 不再重置时安置职工的费用支出; 同拆(搬)迁有关的其他费用支出。
3、拆迁补偿费按行为主体可分为两类： 一是由政府直接出面实施的拆(搬)迁行为而给予补偿的为政府行为，如为调整城市布局而进行的企业(单位)整体搬迁、道路改扩建等，多具有公益性; 二是非政府行为的拆迁，主要由房地产开发公司进行房产开发而有偿占用土地等，盈利性是其主要特点。
而企业会计准则规定，收入是从日常活动中产生，而不是从偶发事项中产生。只有向其他单位提供产品或劳务，取得经济利益流入，且流入额能够计量才能确认收入。拆迁补偿费的取得不是从日常活动中产生的，而是从偶发事项中产生的;且并未向其他单位提供产品或劳务，只是一种损失的补偿。因此，拆迁补偿费并不符合收入确认原则。
4、而政府主导性拆迁补偿费的取得又有两种情况：
第一种情况是被拆(搬)迁企业直接从政府取得，具有政府的拆(搬)迁通知、确定拆迁补偿费金额的政府批文、付款人为财政专户的进账单，这种情况下应将拆迁补偿费视同为政府拨款;
间接从政府办的“开发公司”、“城投公司”取得，这些公司在拆迁补偿费的给付过程中只起到“代收代付”作用，并未在给付拆迁补偿费这一实施过程中谋利，“开发公司”、“城投公司”取得拆迁补偿费时付款人仍为财政专户，同时，被拆(搬)迁企业具有政府的拆(搬)迁通知、确定拆迁补偿费金额的政府批文的，也可将拆迁补偿费视同为政府拨款。
第二种情况是从专业拆迁公司，或从政府办的“开发公司”、“城投公司”取得，但在拆迁补偿费的给付过程中，该公司通过与被拆(搬)迁企业协商确定补偿金额，并且有一定的商业性，使被拆(搬)迁企业不能取得记载有明确拆迁补偿费金额的政府批文的，虽有政府的拆(搬)迁通知，也不能将拆迁补偿费视做政府拨款，应同非政府主导性拆迁补偿费一样视为出让资产取得的补偿。
5、对于可视为政府拨款的拆迁补偿费可进行以下会计处理。
取得拆迁补偿费时， 借：银行存款 贷：专项应付款
将被拆除的固定资产转入清理时， 借：固定资产清理 累计折旧 贷：固定资产
支付清理费用时 借：固定资产清理 贷：银行存款(应付工资等)
取得变价收入时 借：银行存款 贷：固定资产清理
清理净损失冲销拆迁补偿费时 借：专项应付款 贷：固定资产清理
重置资产入账时 借：固定资产 贷：银行存款
同时将拆迁补偿费转作资本公积 借：专项应付款 贷：资本公积——拨款转入
发生的拆(搬)迁费用及重新安装资产的安装调试费用时 借：专项应付款 贷：银行存款
取得的拆迁补偿费有节余的 借：专项应付款 贷：资本公积——拨款转入
拆迁补偿费不足的，应将“专项应付款”的借方余额转入当期损益 借：营业外支出 贷：专项应付款
对于非政府主导性拆迁补偿费可进行以下会计处理。
6、非政府主导性拆迁补偿费应视为企业转让无形资产和相关固定资产所得的款项，应当在扣除所清理或报废的资产的账面价值及其他因拆(搬)迁而发生的费用后，将余额计入当期损益。
但确有证据表明所收到的拆迁补偿费金额显著高于(即超出额比例在50%以上)所清理、报废的固定资产的公允价值与相关拆(搬)迁费用之和的，可将资产的公允价值与原账面价值的差额计入当期损益，而超过公允价值的那部分显著差额视同为其他企业所给予的与重新购建新资产相关的捐赠，记入“资本公积——接受捐赠”。
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