由于在征收中这两个税有部分重合，为避免对一块土地同时征收耕地占用税和城镇土地使用税，国家在《条例》规定上，与耕地占用税作相应的衔接，即对新征用的耕地，凡是缴纳了耕地占用税的，从批准征用之日起满一年时开始缴纳城镇土地使用税;征用非耕地因不需要缴纳耕地占用税，因此，自批准征用次月起缴纳城镇土地使用税。
一、区别
1、性质不同
城镇土地使用税是对占用土地资源的行为课税，具有准财产税的性质。宪法规定城市土地所有权一般归属国家，单位和个人对占用土地只有使用权而无所有权，因此，城镇土地使用税不是严格意义上的财产税。
而耕地占用税是对占用耕地建房或从事其他非农用建设的行为征税。耕地占用税以约束占用耕地的行为为目的，除资源占用税的属性外，还具有明显的行为税特征。
2、征税范围不同
城镇土地使用税的征税范围为城市、县城、建制镇和工矿区。耕地占用税的征税范围为国家所有和集体所有的耕地，包括农田、菜园、菜地及其附属的土地。
3、纳税义务发生时间、缴纳期限不同
城镇土地使用税按年计算、分期缴纳。新征用的耕地，自批准征用之日起满1年。新征用的非耕地，批准征用次月。
而耕地占用税在占用耕地环节一次性课征，经批准占用耕地，纳税义务发生时间为收到土地管理部门办理占用农用地手续通知的当天;未经批准占用耕地的，纳税义务发生时间为实际占用耕地的当天。
二、在2014年12月31日之前，对于征用的耕地，纳税人缴纳耕地占用税的，自出让合同约定的交付土地时间满一年的次月起缴纳土地使用税。自2014年12月31日开始，通过招拍挂取得的土地，不属于新征用的耕地，不管是否缴纳耕地占用税，均应按照合同约定的交付时间的次月起缴纳土地使用税，合同未约定交付土地时间的，从合同签订的次月起缴纳城镇土地使用税。
《财政部 国家税务总局关于房产税 城镇土地使用税有关政策的通知》(财税〔2006〕186号)第二条规定，从合同约定交付土地时间的次月起缴纳城镇土地使用税;合同未约定交付土地时间的，从合同签订的次月起缴纳城镇土地使用税。本公告自发布之日起施行。发文日期为2014年12月31日，即本公告自2014年12月31日开始实施。
城镇土地使用税和耕地占用税有何不同？已缴纳耕地占用税的，是否还需要缴纳城镇土地使用税？
城镇土地使用税和耕地占用税不同之处在于，耕地占用税是在全国范围内，就改变耕地用途的行为在土地取得环节一次性征收的税种，目的是保护耕地。而城镇土地使用税是在城市、县城、建制镇和工矿区范围内，在土地的持有和使用环节征收的一种税，目的是引导企业集约、节约土地，促进土地资源的合理配置。城镇土地使用税按年计算，分期缴纳。
城镇土地使用税和耕地占用税是在不同环节征收的税种，因此，占用耕地的纳税人在缴纳耕地占用税以后，在土地持有和使用过程中仍要缴纳城镇土地使用税。但是在占用耕地的当年，考虑到纳税人已经支付了较高的补偿费、缴纳了耕地占用税，因此，《城镇土地使用税暂行条例》将其缴纳城镇土地使用税的纳税义务发生时间设置为批准征用耕地的1年以后，从而保证耕地占用税和城镇土地使用税的合理衔接。
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