根据《国家税务总局关于外贸企业丢失增值税专用发票抵扣联出口退税有关问题的通知》(国税函[2010]162号)规定，对于企业丢失增值税专用发票应分以下两种情况处理：
一、外贸企业丢失已开具增值税专用发票发票联和抵扣联的，在增值税专用发票认证相符后，可凭增值税专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，向主管出口退税的税务机关申报出口退税。
二、外贸企业丢失已开具增值税专用发票抵扣联的，在增值税专用发票认证相符后，可凭增值税专用发票发票联复印件向主管出口退税的税务机关申报出口退税。
三、对属于本通知第一、二条规定情形的，各地主管出口退税的税务机关必须加强出口退税审核，在增值税专用发票信息比对无误的情况下，按现行出口退税规定办理出口退税事宜。
另外，在办理此项业务时还有两点需要注意：
一是根据《国家税务总局关于调整增值税扣税凭证抵扣期限有关问题的通知》(国税函[2009]617号)规定，自2010年1月1日以后，增值税专用发票等扣税凭证抵扣期限，由90天调整为180天。那么，外贸企业丢失已开具的增值税专用发票(抵扣联或发票联)，如还未认证的应在规定期限的180天内及时进行认证，并按上述两类情况的要求办理出口退税的有关事宜。
二是对于各地主管出口退税的税务机关为了加强出口退税的管理与审核，在增值税专用发票信息比对无误的情况下，才能按现行出口退税有关规定办理外贸企业丢失已开具增值税专用发票的出口货物。
丢失已开具增值税专用发票发票联和抵扣联的，在增值税专用发票认证相符后，可凭增值税专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，向主管出口退税的税务机关申报出口退税。外贸企业丢失已开具增值税专用发票抵扣联的，在增值税专用发票认证相符后，可凭增值税专用发票的发票联复印件向主管出口退税的税务机关申报出口退税。
所以，如果你所丢失的是发票联和抵扣联，你公司可在增值税专用发票认证相符后，凭增值税专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经你公司所在地主管税务机关审核同意后，向主管出口退税的税务机关申报出口退税。如果所丢失的仅是抵扣联，则可以在增值税专用发票认证相符后，直接凭增值税专用发票发票联复印件向主管出口退税的税务
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