一、特殊性税务处理门槛降低。《关于促进企业重组有关企业所得税处理问题的通知》(财税〔2014〕109号)，将《关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》(财税〔2009〕59号)第六条第(二)项和第(三)项中有关股权收购和资产收购占全部股权或全部资产的比重，由不低于被收购企业全部股权或转让企业全部资产的75%，调整为不低于50%。
二、以前年度亏损弥补问题。符合特殊性税务处理的企业在合并重组时，如果被合并企业存在亏损，则可以有条件地进行限额弥补。(财税〔2009〕59号)第六条规定，可由合并企业弥补的被合并企业亏损的限额=被合并企业净资产公允价值×截至合并业务发生当年年末国家发行的最长期限的国债利率。可由合并企业弥补的被合并企业亏损的限额，《企业重组业务企业所得税管理办法》(国家税务总局公告2010年第4号)第二十六条也给予了明确，是指按《税法》规定的剩余结转年限内，每年可由合并企业弥补的被合并企业亏损的限额。适用特殊性税务处理的企业分立，被分立企业未超过法定弥补期限的亏损额可按分立资产占全部资产的比例进行分配，由分立企业继续弥补。一般性税务处理时，被合并企业的亏损不得相互结转弥补。企业分立相关企业的亏损不得相互结转弥补。
三、税收优惠政策承继处理问题。适用一般性税务处理的企业合并或分立，各方企业涉及享受相关税收优惠过渡政策尚未期满的，仅就存续企业未享受完的税收优惠政策继续执行。适用特殊性处理的企业合并或分立，就企业整体(即全部生产经营所得)享受税收优惠过渡政策的，合并或分立后的企业性质及适用税收优惠条件未发生改变的，可以继续享受合并前各企业或分离前被分立企业剩余期限的税收优惠。合并前各企业剩余的税收优惠年限不一致的，合并后企业每年度的应纳税所得额，应统一按合并日各合并前企业资产占合并后企业总资产的比例进行划分，在分别按相应的剩余优惠计算应纳税额。
四、跨年度重组税务处理。根据财税〔2009〕59号文件第十条规定：若同一项重组业务涉及在连续12个月内分步交易，且跨两个纳税年度，当事各方在首个纳税年度交易完成时预计整个交易符合特殊性税务处理条件，经协商一致选择特殊性税务处理的，可以暂时适用特殊性税务处理。在下一纳税年度全部交易完成后，企业应判断是否适用特殊性税务处理。如适用特殊性税务处理的，当事各方应按要求申报相关资料。如适用一般性税务处理的，应调整相应纳税年度的企业所得税年度申报表，计算缴纳企业所得税。
五、非股权支付应纳税所得额的计算。《通知》第六条规定：企业重组符合本通知第五条规定的条件的，交易各方对其交易中的股权支付部分，可以按以下规定进行特殊性税务处理：重组交易各方按本条(一)至(五)项规定对交易中股权支付暂不确认有关资产的转让所得或损失，其非股权支付仍应当在交易当期确认相应的资产转让所得或损失，并调整相应资产的计税基础。
关于企业重组所得税问题，《财政部、国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》(财税〔2009〕59号)于2009年4月30日下发，文件经层层转发后，到基层税务局的实际执行期是5、6月份，而文件要追溯至2008年1月1日起执行，此时企业上一年度的汇算清缴已经完成，重新调整难度很大。请问，文件能否按下发日期执行，以减少纳税人不必要的麻烦?
2008年1月1日新企业所得税法实施以来，为确保新旧税法顺利衔接，与之相关配套的政策措施及管理办法相继出台，个别文件因政策复杂性以及需深入调研等因素出台时间较滞后，为保证纳税人正常申报缴税以及做好2008年度汇算清缴工作，国家税务总局出台了《关于2008年度企业所得税纳税申报有关问题的通知》(国税函〔2009〕286号)，该文件第二条规定对于2009年5月31日后确定的个别政策，如涉及纳税调整需要补退企业所得税款的，纳税人可以在2009年12月31日前自行到税务机关补正申报，不加收滞纳金和追究法律责任。以上规定可以解决纳税人提出的问题。
为避免所得税对企业重组的负面影响，保证税收的中立性，有关企业重组的所得税政策区分了普通重组与特殊重组。同时符合下列条件的企业重组，认定为特殊重组：
1.具有合理商业目的，不以减少、免除或者推迟缴纳税款为主要目标;
2.被收购、合并或分立部分资产或股权符合规定比例，企业法律或经济结构发生实质性或重大改变;
3.法律形式被改变、资本结构被调整、被收购、被合并或分立企业在重组后连续12个月内，不改变原实质经营活动;
4.重组交易对价中涉及的主要是股权支付额，非股权支付额不超过规定比例，同时取得股权的当事方不得在随后的12个月内转让该股权;
5.重组交易当事方涉及境外(包括港澳台地区)纳税人的，除符合前述条件外，还应该确保被重组企业资产及企业股权所隐含增值税收管辖权仍保留在中国境内，并适用不低于重组前税率。
符合上述条件的特殊重组，当事各方应按以下特殊的税收规定进行所得税处理：
1.除与重组交易的非股权补价或货币性补价相对应的资产转让所得或损失应在交易当期确认外，交易各方可暂不确认有关资产的转让所得或损失。
2.非股权补价或货币性补价对应的资产转让所得或损失=(被转让资产的公允价值-被转让资产的计税基础)×(非股权补价或货币性补价&spanide;被转让资产的公允价值)。
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