1)增值税(免征)、企业所得税、印花税;
2)办公用房要缴纳房产税、土地税(免征)。
一、关于农民专业合作社有关税收政策
1、对农民专业合作社销售本社成员生产的农业产品，视同农业生产者销售自产农业产品免征增值税。
2、增值税一般纳税人从农民专业合作社购进的免税农业产品，可按13%的扣除率计算抵扣增值税进项税额。
3、对农民专业合作社向本社成员销售的农膜、种子、种苗、化肥、农药、农机，免征增值税。
4、对农民专业合作社与本社成员签订的农业产品和农业生产资料购销合同，免征印花税。
二、具体减免措施
1、对农民专业合作社销售社员生产和初加工农产品，视同农户自产自销，暂不征收个人所得税;
2、对农民专业合作社的经营用房，免征房产税和城镇土地使用税;
3、对农民专业合作社所属，用于进行农产品加工的生产经营用房，按规定缴纳房产税和城镇土地使用税确有困难的，可报经地税部门批准，给予免征房产税和城镇土地使用税的照顾;
4、对农民专业合作社的经营收入，免征水利建设专项资金;
5、对农民专业合作社，暂不征收残疾人就业保障金。
三、印花税的相关政策规定：
1、国家指定的收购部门与村民委员会、农民个人书立的农副产品收购合同免纳印花税;2、对农民专业合作社与本社成员签订的农业产品和农业生产资料购销合同，免征印花税;
3、对农林作物、牧业畜类保险合同暂不贴花。其他如：资金账簿、营业账簿、购销合同等印花税应申报缴纳。
四、支持农业发展的税费优惠政策
1.按《企业所得税法》规定，对企业从事农、林、牧、渔业项目(国家限制和禁止发展的项目除外)的所得，免征或减征企业所得税。
2.按《营业税暂行条例》规定，对农业机耕、排灌、病虫害防治、植物保护、农牧保险以及相关技术培训业务，家禽、牲畜、水生动物的配种和疾病防治项目免征营业税。
3.农业龙头企业、省级农业科技企业、农产品流通企业，如按规定纳税仍有困难的，报经地税部门批准，可相应减免房产税、城镇土地使用税或水利建设专项资金。农村、农场和农民个人将土地使用权转让或将土地承包(出租)给农业生产者用于农业生产的，免征营业税、城建税、教育费附加和地方教育附加
4、对农村的为农业生产的产前、产中、产后服务的行业，即乡、村的农技推广站、植保站、水管站、林业站、畜牧兽医产站、水产站、种子站、农机站、气象站以及农民专业技术协会、专业合作社，对其提供的技术培训等技术服务或劳务所取得的收入，暂免征收企业所得税。
5、对省级骨干农业龙头企业从事种植业、养殖业和农林产品初加工业取得的所得，可暂免征收企业所得税。
6、省级骨干农业龙头企业和经县级以上各级政府确认的重点农业龙头企业，以及以社员自产自销为主要经营方式的农民专业合作社，报经主管地税机关批准，可减免水利建设专项资金。
7、对为农村提供垃圾处理、污水处理、保洁服务取得的劳务收入，免征营业税、城建税、教育费附加、地方教育附加和水利建设专项资金。
8、对农村、农场和农民个人将土地使用权转让给农业生产者用于农业生产，或将土地承包(出租)给个人或公司用于农业生产，收取固定承包金(租金)，免征营业税、城建税、教育费附加和地方教育附加。农业生产包括农、林、牧、渔。
9、对农民个人因交通、城市建设等被征用农业用地而取得经济补偿的收入，免征营业税、城建税、教育费附加和地方教育附加。
10、对农民专业合作社社员从农民专业合作社取得的自产自销农产品收入，暂不征收个人所得税。
五、企业从事下列项目的所得，免征企业所得税：
1、蔬菜、谷物、薯类、油料、豆类、棉花、麻类、糖料、水果、坚果的种植;
2、农作物新品种的选育;
3、中药材的种植;
4、林木的培育和种植;
5、牲畜、家禽的饲养;
6、林产品的采集;
7、灌溉、农产品初加工、兽医、农技推广、农机作业和维修等农、林、牧、渔服务业项目;
8、远洋捕捞。
六、企业从事下列项目的所得，减半征收企业所得税：
1、花卉、茶以及其他饮料作物和香料作物的种植;
2、海水养殖、内陆养殖。
七、减免税收的报送资料：
(1)上年度减免税政策的执行情况;
(2)《备案类减免税登记表》;
(3)减免税申请报告，列明减免税理由、依据、范围、期限、数量、金额等;
(4)主管税机关要求提供的其他资料。
我公司既从事种植业，又从事养殖业，按照《企业所得税法》规定，从事种植业免税，从事养殖业减半征收企业所得税，企业应申请享受免税还是减半征收企业所得税?或是需分开核算，分别就不同收入分开享受免税或减税?
《企业所得税法实施条例》第一百零二条规定，企业同时从事适用不同企业所得税待遇的项目的，其优惠项目应当单独计算所得，并合理分摊企业的期间费用;没有单独计算的，不得享受企业所得税优惠。因此，企业应就不同优惠所得单独进行计算，并合理分摊企业的期间费用。
一、流转税
种植业和养殖业不需要缴纳流转税(增值税、营业税、消费税等)。
《中华人民共和国增值税暂行条例》
第十五条 下列项目免征增值税：
(一)农业生产者销售的自产农产品;
第三十五条 条例第十五条规定的部分免税项目的范围，限定如下：
(一)第一款第(一)项所称农业，是指种植业、养殖业、林业、牧业、水产业。
二、企业所得税
财政部、国家税务总局《关于国有农口企事业单位征收企业所得税问题的通知》(财税字[1997]49号)规定，对重点龙头企业从事种植业、养殖业和农林产品初加工业取得的所得，暂免征收企业所得税。
这里的“重点龙头企业”有一定的限制，不是所有的都企业都能免税，需要相关批文。
三、其他税收
个人所得税——乡镇企业的职工和农民取得的青苗补偿费的收入暂不征收个人所得税
个体工商户或个人专营种植业、养殖业并已征收了农业税、牧业税的，
不再征收个人所得税
印花税——全免
城镇土地使用税——经省、自治区、直辖市人民政府批准，适当减免
房产税和车船使用税——同上条
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