首先：只要三个月零申报就直接划入非正常户是胡说，只有逾期未申报且在税务机关公告期内未申报，税务机关无法查找无法联系的纳税人才被认定为非正常户，零申报户也是申报，不能直接认定为非正常，税务机关的CTAIS系统是不能把零申报户划为非正常的。
其次：在非正常情况下，企业的股东、法人在全国范围内不能办理税务登记(全国联网)，不能再成为企业的股东和法人，不能成为个体工商户的法人，所以必须办理注销手续，也可以重新启用。
第三：办理流程：1、在专管员处接受处罚(2000元以下)，大部分处罚在50元以下，因为在税务机关的CTAIS系统操作中，税务分局简易程序只有50元的罚款权，50元以上需要走一般程序，需要局征管科审批，一般程序非常繁琐，税务专管员一般能省就省了。2、带着罚款收据在局机关办税大厅解除非正常。3、把未申报月份的申报，有税款就补缴，并缴纳滞纳金，没有就零申报，注意，这里所谓的未申报月份是指认定为非正常的当月，例如2010年3月未申报，那就申报3月的，从认定之日起至今的月份无需申报，期间有经营的例外。
最后：走完上述流程后，公司已经转入正常状态，这时你可以自主决定是否继续经营或者注销。
另：税务实践中，专管员对于非正常户有天然的恶感，在系统内部考核指标中为此经常受累。好好和专管员说说，现在国家税务总局正在为这个考核，降低非正常户大家都愿意的，如果专管员懒得理你可以去找所长谈谈.........
根据《税务登记管理办法》(国家税务总局令第7号)第四十条规定，已办理税务登记的纳税人未按照规定的期限申报纳税，在税务机关责令其限期改正后，逾期不改正的，税务机关应当派人员实地检查，查无下落并且无法强制其履行纳税义务的，由检查人员制作非正常户认定书，存入纳税人档案，税务机关暂停其税务登记证件、发票领购簿和发票的使用。第四十一条规定，纳税人被列入非正常户超过3个月的，税务机关可以宣布其税务登记证件失效，其应纳税款的追征仍按《税收征管法》及其实施细则的规定执行。
首先所谓非正常户：是指已办理税务登记的纳税人未按照规定的期限申报纳税，在税务机关责令其限期改正后，逾期不改正的，并经税务机关派员实地检查，查无下落并且无法强制其履行纳税义务的纳税人。所以说三个月都是零申报就直接划入非正常户为错误说法。
处理方法：再次去国税局查看营业牌照税务登记信息是否被划归为非正常户，确定为非正常户后，依据规定流程缴纳处理公司的违章处理、流失发票缴销、欠税清缴后，在综合征管软件中是可以进行非正常户解除处理的。
如果不处理违章信息，对没有欠税且没有未缴销发票的纳税人，认定为非正常户超过两年的，税务机关可以注销其税务登记证件。
并且在这件事中，国税局做法就欠妥，按照规定，纳税人未按照规定的期限申报纳税，主管税务机关责令其限期改正逾期不改正，税源管理部门派员实地核查查无下落，并且无法强制其履行纳税义务的，经综合业务部门批准后认定为非正常户。长期未申报纳税并且没有相关提示，可以向上级部门反映，不过首先解除非正常户才是正事。
拓展回答：
非正常户管理三个方面：
认定
已办理税务登记的纳税人未按照规定的期限申报纳税，主管税务机关责令其限期改正逾期不改正，税源管理部门派员实地核查查无下落，并且无法强制其履行纳税义务的，经综合业务部门批准后认定为非正常户。主管税务机关暂停其税务登记证件、发票领购簿和发票 的使用。
注销
对没有欠税且没有未缴销发票的纳税人，认定为非正常户超过两年的，税务机关可以注销其税务登记证件。
解除
认定为非正常户的纳税人前来履行纳税义务或被税务机关追查到案的，主管税务机关对其进行违章处理、流失发票缴销、欠税清缴后，在综合征管软件中进行非正常户解除处理。
非正常户的巡查
主管税务机关在管户巡查过程中，要将非正常户作为重点巡查对象，对清理巡查出来的非正常户，要视具体情况进行处理。对存在偷税或虚开发票行为的，按照《税收征收管理法》等规定从严处理;对未发现偷税或虚开发票行为的，则对其未按期申报行为从重处罚。
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