在计算缴纳土地增值税时，与转让有关的税金允许扣除，该税金是指在转让房地产时缴纳的营业税、城市维护建设税、教育费附加、印花税。
财税字【1995】48号文件第十条规定：转让环节缴纳的税金对于个人购入房地产再转让的，在其购入时已缴纳的契税，在旧房及建筑物的评估价中已包括了此因素，在计征土地增值税时，不另作为“与转让房地产有关的税金”予以扣除。
财税【2006】21号文件第二条规定：纳税人转让旧房及建筑物，凡不能取得评估价格，但能提供购房发票的，经当地税务部门确认，《条例》第六条第(一)、(三)项规定的扣除项目的金额，可按发票所载金额并从购买年度起至转让年度止每年加计5%计算。对纳税人购房时缴纳的契税，凡能提供契税完税凭证的，准予作为“与转让房地产有关的税金”予以扣除，但不作为加计5%的基数。
综上，该契税是否能扣除，主要看缴纳契税时被归属什么项目及是否取得合法有效凭证。
根据财政部、国家税务总局《关于土地增值税一些具体问题规定的通知》第十一条规定：对于个人购买房地产再转让的，其在购入时已缴纳的契税，在旧房及建筑物的评估中已包括了此项因素，在计征土地增值税时，不另作为"与转让房地产有关的税金"予以扣除。
与转让房地产有关的税金是指在转让房地产时缴纳的营业税、城建税、印花税。因转让房地产缴纳的教育费附加，也视同税金予以扣除。契税不作为“与转让房地产有关的税金”，不予扣除。
根据《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》(国税函[2010]220号)第五条规定，房地产开发企业为取得土地使用权所支付的契税，应视同按国家统一规定交纳的有关费用，计入取得土地使用权所支付的金额中扣除。
根据《财政部 国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》(财税字〔1995〕48号)规定：“十一、关于已缴纳的契税可否在计税时扣除的问题对于个人购入房地产再转让的，其在购入时已缴纳的契税，在旧房及建筑物的评估价中已包括了此项因素，在计征土地增值税时，不另作为‘与转让房地产有关的税金’予以扣除。”
根据《土地增值税暂行条例》第六条和《土地增值税暂行条例实施细则》第七条的规定，对于企业因违约而承受的处罚性开支，如土地闲置费及契税滞纳金等，不属于按税法规定正常开支的成本费用和国家统一规定交纳的有关费用，以及在转让环节缴纳税金的范畴，不能作为扣除的项目金额。因此，在计征土地增值税时不能作为正常的成本费用支出予以扣除。
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