《财政部、国家税务总局关于农民专业合作社有关税收政策的通知》(财税[2008]81号)规定：对农民专业合作社销售本社成员生产的农业产品，视同农业生产者销售自产农业产品免征增值税;
增值税一般纳税人从农民专业合作社购进的免税农业产品，可按13%的扣除率计算抵扣增值税进项税额;
对农民专业合作社向本社成员销售的农膜、种子、种苗、化肥、农药、农机，免征增值税。
《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》(2009年1月1日起施行)规定：农业生产单位和个人销售自产的初级农产品可以免征增值税，包括种植业、养殖业、林业、牧业和水产业。
《财政部、国家税务总局关于若干农业生产资料征免增值税政策的通知》(财税[2001]113号)规定：对种子、种苗、化肥、农药、农机、农膜等货物的批发和零售实行免征增值税。
农民专业合作社只要是增值税一般纳税人单位，销售非免税产品可以使用增值税专用发 票。
根据《财政部、国家税务总局关于农民专业合作社有关税收政策的通知》(财税[2008]81号)文件规定，对农民专业合作社销售本社成员生产的农业产品，视同农业生产者销售自产农业产品免征增值税。根据《增值税暂行条例》第二十一条规定，纳税人销售货物或者应税劳务，应当向索取增值税专用发票的购买方开具增值税专用发票，并在增值税专用发 票上分别注明销售额和销项税额。属于下列情形之一的，不得开具增值税专用发票：(一)向消费者个人销售货物或者应税劳务的;(二)销售货物或者应税劳务适用免税规定的。
《增值税暂行条例》第十三条规定，小规模纳税人以外的纳税人应当向主管税务机关申请资格认定。具体认定办法由国务院税务主管部门制定。
《国家税务总局关于增值税一般纳税人认定有关问题的通知》(国税函[2008]1079号)也规定，自2009年1月1日起实施。目前，税务总局正在制定增值税一般纳税人认定管理的具体办法，在该办法颁布之前，为保证新标准的顺利执行，增值税一般纳税人认定工作暂按以下原则办理：
一、现行增值税一般纳税人认定的有关规定仍继续执行。
四、年应税销售额未超过新标准的小规模纳税人，可以按照现行规定向主管税务机关申请一般纳税人资格认定。
目前，认定为增值税一般纳税人的文件是《增值税一般纳税人申请认定办法》(国税发[1994]59号)文件，其中原规定是这样的：
二、一般纳税人是指年应征增值税销售额(以下简称年应税销售额，包括一个公历年度内的全部应税销售额)，超过财政部规定的小规模纳税人标准的企业和企业性单位(以下简称企业)。
下列纳税人不属于一般纳税人：(一)年应税销售额未超过小规模纳税人标准的企业(以下简称小规模企业);(二)个人;(三)非企业性单位;(四)不经常发生增值税应税行为的企业。
三、年应税销售额未超过标准的小规模企业，会计核算健全，能准确核算并提供销项税额、进项税额的，可申请办理一般纳税人认定手续。
纳税人总分支机构实行统一核算，其总机构年应税销售额超过小规模企业标准，但分支机构年应税销售额未超过小规模企业标准的，其分支机构可申请办理一般纳税人认定手续。在办理认定手续时，须提供总机构所在地主管税务机关批准其总机构为一般纳税人的证明(总机构申请认定表的影印件)。
由于销售免税货物不得开具增值税专用发 票，因此全部销售免税货物的企业不办理一般纳税人认定手续。
需要注意的是，以上两条规定已经于2006年4月30日被国家税务总局废止。
在实际税收征管的中，对于一般纳税人的管理，不管销售免税货物还是应税货物，只要其销售额达到现行规定的标准，，必须申请认定为一般纳税人，或者会计核算健全，能准确核算并提供销项税额、进项税额的小规模纳税人也可向税务机关申请办理增值税一般纳税人资格。至于一般纳税人销售的货物是否是免税还是征收增值税的货物、但并不影响其一般纳税人资格的认定。只不过是对于销售免税货物在使用增值税专用发票上有限制规定。
对于农村合作社机构可规定现行相关规定可认定为增值税一般纳税人。根据《财政部、国家税务总局关于农民专业合作社有关税收政策的通知》(财税〔2008〕81号)规定，增值税一般纳税人从农民专业合作社购进的免税农业产品，可按13%的扣除率计算抵扣增值税进项税额。农民专业合作社销售免税农产品不允许开具增值税专用发票。
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