国家税务局2017年4月20日印发的《国家税务总局关于进一步明确营改增有关征管问题的公告》(国家税务总局公告2017年第11号)第十条明确规定，自2017年7月1日起，增值税一般纳税人取得的2017年7月1日及以后开具的增值税专用发票和机动车销售统一发票，应自开具之日起360日内认证或登录增值税发票选择确认平台进行确认，并在规定的纳税申报期内，向主管国税机关申报抵扣进项税额。
增值税一般纳税人取得的2017年7月1日及以后开具的海关进口增值税专用缴款书，应自开具之日起360日内向主管国税机关报送《海关完税凭证抵扣清单》，申请稽核比对。
根据《国家税务总局 海关总署关于实行海关进口增值税专用缴款书“先比对后抵扣”管理办法有关问题的公告》(国家税务总局 海关总署公告2013年第31号)规定：“六、稽核比对结果异常的处理
稽核比对结果异常，是指稽核比对结果为不符、缺联、重号、滞留。
(一)对于稽核比对结果为不符、缺联的海关缴款书，纳税人应于产生稽核结果的180日内，持海关缴款书原件向主管税务机关申请数据修改或者核对，逾期的其进项税额不予抵扣。属于纳税人数据采集错误的，数据修改后再次进行稽核比对;不属于数据采集错误的，纳税人可向主管税务机关申请数据核对，主管税务机关会同海关进行核查。经核查，海关缴款书票面信息与纳税人实际进口货物业务一致的，纳税人应在收到主管税务机关书面通知的次月申报期内申报抵扣，逾期的其进项税额不予抵扣。
(二)对于稽核比对结果为重号的海关缴款书，由主管税务机关进行核查。经核查，海关缴款书票面信息与纳税人实际进口货物业务一致的，纳税人应在收到税务机关书面通知的次月申报期内申报抵扣，逾期的其进项税额不予抵扣。
(三)对于稽核比对结果为滞留的海关缴款书，可继续参与稽核比对，纳税人不需申请数据核对。
......
九、本公告自2013年7月1日起施行，......。”
海关进口增值税专用缴款书抵扣操作流程：
一、实行海关进口增值税专用缴款书(以下简称海关缴款书)“先比对后抵扣”管理办法的增值税一般纳税人取得2010年1月1日以后开具的海关缴款书，应在开具之日起180日内向主管税务机关报送《海关完税凭证抵扣清单》(包括纸质资料和电子数据)申请稽核比对。
二、由于海关传递海关缴款书数据时限一般在缴款成功后10-25个工作日，我公司需先在电子口岸确认抵扣经营单位，客户先不要急上传海关缴款书。(最好在缴款书日期后25个工作日之后才上传比对)。
三、纳税人应按要求完整规范采集海关缴款书 海关缴款书号码在通关系统中共有22位，可抵扣的海关缴款书号码第20位必须是“L”。纳税人在采集海关缴款书时号码应完整规范录入，其中：数字、字母、符号以半角录入;大写英文字母“L”在内的22位号码必须填写完整;其中“—”不能以“/”代替;英文字母“L”一律为大写;通关系统开具的海关缴款书号码上行打印的括号和四位日期不属于缴款书号码，不应录入;开票日期应录入票面填发日期;如企业取得同一号码多张海关缴款书，税额应按末张海关缴款书最后一栏合计数录入。
四、纳税人可自行通过
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