总税务司署是晚清管理全国海关关税及海关行政事务的机构，其名义上隶属于总理衙门或外务部。总税务司署设总税务司一人，掌握全国海关关税、行政及关员任免等事务，后添设副总税务司一人协助之，于宣统二年撤去。
税务司署下设五科三处，即负责本署及各海关事务的总务科，负责机要文件的机要科，总辖海关会议兼管债务、赔款并审查各海关会议事务的统计科，负责各关汉文报告及总税务司署与政府各部门往来公文的汉文科，负责海关官员任免事务的铨叙科；设于上海负责编制、印刷、统计及供应纸张、账册的造册处，设于伦敦负责采办海关用品、招用人员、接洽偿还各国借款的驻外办事处，设于京师专门负责政府委办的内债基金事宜的内债基金处。
