初级会计证书抵扣个税选择方式上，有就职单位，在预扣预缴环节享受专项附加扣除的纳税人通过扣缴义务人申报扣缴义务人为办理个人所得税预扣预缴申报时，需事先下载本次提交的专项附加扣除信息。选择此项申报方式后，系统会提示选择扣缴义务人，可以选择所在的工作单位。选择的扣缴义务人会获得专项附加扣除信息，在预扣预缴申报时扣除。
而个人自行办理，或委托专业机构，或委托其他单位或个人办理年度汇算的纳税人则可选择综合所得年度自行申报方式。本次提交的专项附加扣除信息可在综合所得年度自行申报中进行税前扣除。在选择此方式后，需要在取得个人所得次年3月到6月期间，自行通过个人所得税App进行个人所得税年度汇算清缴申报。
