税务发协查函的目的是协助税局稽查部门进行税务稽查的工作，为税务稽查部门提供案源及快捷、准确、方便的查案工具及手段。委托方对税收违法案件中需调查取证的发票采取发函或者派人参与的方式进行协查。
发函是指委托方向受托方发出税收违法案件协查函，包括寄送纸质协查函和通过协查信息管理系统发出协查函。纸质协查函原则上采取同级发函的方式进行。派人参与是指重大案件或者有特殊要求的案件，委托方可派人参与受托方的调查取证，提出取证要求。
