税收扣除的方法主要包括：1、直接扣除法，指允许纳税义务人就某些规定的项目所发生的费用作全部或部分扣除；2、费用增加法，指通过增加费用、多计成本的办法等更为间接和隐蔽的方式以减少税收负担。
税收扣除指在征税对象的全部数额中扣除一定的数额，只对超过扣除额的部分征税的行为，其中所规定扣除的数额也称为免征额。通过对纳税人实施税收扣除的行为，有利于降低纳税人的税收负担，从而提高纳税人参与税务活动的积极性，确保了税务部门税收征管行为的有序进行。
