丢失增值税专用发票的情况下，一般不会罚款的，但超过90天就不能抵扣进项税额了，可价税合计记入库存商品成本。增值税是以商品(含应税劳务)在流转过程中产生的增值额作为计税依据而征收的一种流转税。从计税原理上说，增值税是对商品生产、流通、劳务服务中多个环节的新增价值或商品的附加值征收的一种流转税。实行价外税，也就是由消费者负担，有增值才征税没增值不征税。
1、销售方丢失增值税专用发票
(1)丢失空白未开具的增值税专用发票的，首先按规定程序向销售方当地主管税务机关、公安机关报失，接受税务机关处罚;其次，由主管税务机关代收取“挂失登报费”，并将丢失专用发票的纳税人名称、发票份数、字轨号码、盖章与否等情况，统一传(寄)中国税务报社等税务报刊杂志上刊登“遗失声明”。
(2)销售方丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联的，待申报、报税后向主管税务机关申请出具《丢失增值税专用发票已报税证明单》，并把该证明和丢失发票的记账联复印件交购买方抵扣。
(3)销售方丢失已开具专用发票的抵扣联、发票联其中一联(两联没有全部丢失)的：可让购买方使用未丢的联次到主管税务机关认证和记账，复印件留存备查。
2、购货方丢失增值税专用发票
(1)如果丢失前已认证相符的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证。
(2)如果丢失前未认证的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件到主管税务机关进行认证，认证相符的凭该专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证。
增值税专用发票丢失的情况下，是可以到税务机关重新开取的，但一般情况下需要对旧发票进行注销，再进行合法的开具。当事人可以根据税务行政机关的要求，提交个人的相关信息或者发票的抬头信息，并说明丢失的相关情况，税务机关在审查通过后就可以进行补开发票。
税收行政诉讼的并原则是首先需要经过行政复议前置才能够提起行政诉讼。税务保全措施是由税务机关作出的，当事人对保全措施有异议的，可以申请行政复议维护自己权益。
《中华人民共和国税收征收管理法》
第八条 纳税人、扣缴义务人有权向税务机关了解国家税收法律、行政法规的规定以及与纳税程序有关的情况。
纳税人、扣缴义务人有权要求税务机关为纳税人、扣缴义务人的情况保密。税务机关应当依法为纳税人、扣缴义务人的情况保密。
纳税人依法享有申请减税、免税、退税的权利。
纳税人、扣缴义务人对税务机关所作出的决定，享有陈述权、申辩权;依法享有申请行政复议、提起行政诉讼、请求国家赔偿等权利。
纳税人、扣缴义务人有权控告和检举税务机关、税务人员的违法违纪行为。
第八十八条纳税人、扣缴义务人、纳税担保人同税务机关在纳税上发生争议时，必须先依照税务机关的纳税决定缴纳或者解缴税款及滞纳金或者提供相应的担保，然后可以依法申请行政复议;对行政复议决定不服的，可以依法向人民法院起诉。
当事人对税务机关的处罚决定、强制执行措施或者税收保全措施不服的，可以依法申请行政复议，也可以依法向人民法院起诉。
当事人对税务机关的处罚决定逾期不申请行政复议也不向人民法院起诉、又不履行的，作出处罚决定的税务机关可以采取本法第四十条规定的强制执行措施，或者申请人民法院强制执行。
当事人对税务机关的处罚决定、强制执行措施或者税收保全措施不服的，当事人有自由选择权，可以要求税务行政复议，也可以直接提起税务行政诉讼。
当事人对税务机关的处罚决定逾期不申请行政复议也不向人民法院起诉、又不履行的，作出处罚决定的税务机关可以采取本法第四十条规定的强制执行措施，或者申请人民法院强制执行。
日常生活当中只要是涉及到行政具体行为方面的都是可以提出异议的，并且可以采取一定的方式来救济自己的权利，最常见的就是提出行政复议或者是行政诉讼，而税收方面的是需要先提出行政复议再提出行政诉讼。
