1、当期应纳税额的计算
当期增值税应纳税额=当期内销货物的销项税额-(当期进项税额-当期免抵退税不得免征和抵扣税额)
(注：当期进项税额含上期结转至本期的留抵税额，即上期《增值税申报表》期末留抵税额减去上期已审批的免抵退税额)
2、免抵退税不得免征和抵扣税额的计算
免抵退税不得免征和抵扣税额=当期出口货物离岸价×外汇人民币牌价×(出口货物征税税率-出口货物退税率)-免抵退税不得免征和抵扣税额抵减额
免抵退税不得免征抵扣税额抵减额=免税购进原材料价格×(出口货物征税税率-出口货物退税率)
免税购进原材料包括从国内购进免税原材料和进料加工免税进口料件，其中国内购进免税原材料指《中华人民共和国增值税暂行条例》及其实施细则和其他有关规定中列名的、不能按规定计提进项税额的免税货物;进料加工免税进口料件是指进料加工复出口贸易方式下进口的免税进口料件，其价格为组成计税价格。进料加工免税进口料件的组成计税价格=货物到岸价+海关实征关税和消费税。
3、免抵退税额的计算
免抵退税额=出口货物离岸价×外汇人民币牌价×出口货物退税率-免抵退税额抵减额
免抵退税抵减额=免税购进原材料价格×出口货物退税率
4、当期应退税额和当期免抵税额的计算
如果，当期期末留抵税额≤当期免抵退税额，
当期应退税额=当期期末留抵税额
当期免抵税额=当期免抵退税额-当期应退税额
如果，当期期末留抵税额>当期免抵退税额，
当期应退税额=当期免抵退税额，
当期免抵税额=0
当期期末留抵税额为当期《增值税纳税申报表》的"期末留抵税额"。
2019年深化增值税改革涉及增值税期末留抵退税也适用《财政部 税务总局关于增值税期末留抵退税有关城市维护建设税 教育费附加和地方教育附加政策的通知》(财税〔2018〕80号)规定，即对实行增值税期末留抵退税的纳税人，允许其从城市维护建设税、教育费附加和地方教育附加的计税(征)依据中扣除退还的增值税税额
由于免抵退税的限额大于，当期期末计算出来的留抵税额9万元，那么就得按9万元全部退给你，这样你就没有了留抵税额了，留抵税额自然就是0了。而这个免抵退税限额与实际退税额之间的差额，那就是免征与抵扣税额了，即为13-9=4万元了。所以这个题最后得出的结论就是：退税额为9，免抵税额为4，留抵税额自然是0了。
如果我们上题其他数字不变，假定上期末还有留抵税额5万元，那么：
当期计算的留抵税额=9+5=14万元，
免抵退税限额=13
14>13，
则应当退税额为13万元了，那么免抵税额13就全部退了，就没有免抵退税了，即免抵税额就是0了。那么这时就会出现留抵税额=14-13=1，这时结果就是如此表述了：
当然实际退税13，免抵税额为0，留抵税额为1
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