在有些情况下，企业可以通过合理利用企业的组织形式，对企业的纳税情况进行筹划。例如，企业所得税法合并后，遵循国际惯例将企业所得税以法人作为界定纳税人的标准，原内资企业所得税独立核算的标准不再适用，同时规定不具有法人资格的分支机构应汇总到总机构统一纳税。不同的组织形式分别使用独立纳税和汇总纳税，会对总机构的税收负担产生影响。企业可以利用新的规定，通过选择分支机构的组织形式进行有效的税务筹划。
企业从组织形式上有子公司和分公司两种选择。其中，子公司是具有独立法人资格，能够承担民事法律责任与义务的实体;而分公司是不具有独立法人资格，需要由总公司承担法律责任与义务的实体。企业采取何种组织形式需要考虑的因素主要包括：分支机构盈亏、分支机构是否享受优惠税率等。
第一种情况：预计适用优惠税率的分支机构盈利，选择子公司形式，单独纳税。
第二种情况：预计适用非优惠税率的分支机构盈利，选择分公司形式，汇总到总公司纳税，以弥补总公司或其他分公司的亏损;即使下属公司均盈利，此时汇总纳税虽无节税效应，但可降低企业的办税成本，提高管理效率。
第三种情况：预计适用非优惠税率的分支机构亏损，选择分公司形式，汇总纳税可以用其他分公司或总公司利润弥补亏损。
第四种情况：预计适用优惠税率的分支机构亏损，这种情况下就要考虑分支机构扭亏的能力，若短期内可以扭亏宜采用子公司形式，不然则宜采用分公司形式，这与企业经营策划有紧密关联。不过总体来说，如果下属公司所在地税率较低，则宜设立子公司，享受当地的低税率。
如果在境外设立分支机构，子公司是独立的法人实体，在设立所在国被视为居民纳税人，通常要承担与该国其他居民公司一样的全面纳税义务。但子公司在所在国比分公司享受更多的税务优惠，一般可以享有东道国给予其居民公司同等的税务优惠待遇。如果东道国适用税率低于居住国时，子公司的积累利润还可以得到递延纳税的好处。而分公司不是独立的法人实体，在设立所在国被视为非居民纳税人，所发生的利润与总公司合并纳税。但我国企业所得税法不允许境内外机构的盈亏相互弥补，因此，在经营期间若发生分公司经营亏损，分公司的亏损也无法冲减总公司利润。
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