参照《北京市地方税务局公路、内河货物运输业税收管理操作规程(试行) 》(京地税营[2010]129号)第三十条规定，本规程第二十九条规定，支付给其他单位或者个人的运输费用，准予抵扣的运费结算凭证，是指货运发票、国际海运业运输专用发票、国营铁路、民用航空运输单位开具的货票、从事货物运输的非国有运输单位开具的套印全国统一发票监制章的货票，以及国家税务总局规定的其他合法有效凭证。《国家税务总局关于调整增值税扣税凭证抵扣期限有关问题的通知 》(国税函[2009]617号)仅规定了增值税专用发票、海关进口增值税专用缴款书、公路内河货物运输业统一发票和机动车销售统一发票的认证抵扣期限为180天。
根据国家税务总局关于印发《国家税务总局关于加强货物运输业税收管理及运输FA票增值税抵扣管理的公告》的通知(国税发〔2003〕120号)：纳税人取得的2003年10月31日以后开具的运输FA票，应当自开票之日起90天内向主管国家税务局申报抵扣，超过90天的不得予以抵扣。
《国家税务总局关于调整增值税扣税凭证抵扣期限有关问题的通知》(国税函〔2009〕617号)文件仅对增值税一般纳税人取得2010年1月1日以后开具的增值税专用FA票、海关进口增值税专用缴款书、公路内河货物运输业统一发票和机动车销售统一发票，规定了抵扣期限。
因此，目前铁路运输发票抵扣期限仍为90天。
国家税务总局关于调整增值税扣税凭证抵扣期限有关问题的通知国税函〔2009〕617号文件规定：
2003年以来，国家税务总局对增值税专用发票等扣税凭证陆续实行了90日申报抵扣期限的管理措施，对于提高增值税征管信息系统的运行质量、督促纳税人及时申报起到了积极作用。近来，部分纳税人及税务机关反映目前的90日申报抵扣期限较短，部分纳税人因扣税凭证逾期申报导致进项税额无法抵扣。为合理解决纳税人的实际问题，加强税收征管，经研究，现就有关问题通知如下：
一、增值税一般纳税人取得2010年1月1日以后开具的增值税专用发票、公路内河货物运输业统一发票和机动车销售统一发票，应在开具之日起180日内到税务机关办理认证，并在认证通过的次月申报期内，向主管税务机关申报抵扣进项税额。
基于对上述文件的理解，铁路运费应当比照“公路内河货物运输业统一发票”的抵扣方法处理。
从2010年1月1日起，增值税专用发票等扣税凭证由90日延长至180日。日前，国家税务总局公布了《关于调整增值税扣税凭证抵扣期限有关问题的通知》》(国税函〔2009〕617号)，(以下简《通知》)，作出了上述调整。
“将增值税发票的抵扣认证期限由90日延长至180日，在一定程度上保持了整个抵扣链条的连贯性，不仅使纳税人有充裕的时间进行申报抵扣，而且也在一定程度上减轻了纳税人的税收负担。所以这一改变对于纳税人而言，是一个利好政策。”
《通知》中除了规定增值税一般纳税人取得2010年1月1日以后开具的增值税专用发票、公路内河货物运输业统一发票和机动车销售统一发票，应在开具之日起180日内到税务机关办理认证，并在认证通过的次月申报期内，向主管税务机关申报抵扣进项税外，还明确了实行海关进口增值税专用缴款书 “先比对后抵扣”管理办法的增值税一般纳税人取得2010年1月1日以后开具的海关缴款书，应在开具之日起180日内向主管税务机关报送《海关完税凭证抵扣清单》(包括纸质资料和电子数据)申请稽核比对。
未实行海关缴款书“先比对后抵扣”管理办法的增值税一般纳税人取得2010年1月1日以后开具的海关缴款书，应在开具之日起180日后的第一个纳税申报期结束以前，向主管税务机关申报抵扣进项税额。
《国家税务总局关于调整增值税扣税凭证抵扣期限有关问题的通知》(国税函〔2009〕617号)仅规定了增值税专用发票、海关进口增值税专用缴款书、公路内河货物运输业统一发票和机动车销售统一发票的认证抵扣期限为180天，对于铁路运输发票没有规定抵扣期限。
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