对于这种跨地区经营，应当按照国税发[2008]28号《国家税务总局关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法〉的通知》的规定，按照“统一计算，分级管理，就地预缴，汇总清算，财政调库”的办法计算缴纳企业所得税。国税函[2010]39号《国家税务总局关于建筑企业所得税征管有关问题的通知》强调，建筑企业跨地区设立的不符合二级分支机构条件的项目经理部(包括与项目经理部性质相同的工程指挥部、合同段等)，应汇总到总机构或二级分支机构统一计算，按照国税发[2008]28号文件规定的办法计算缴纳企业所得税。
2010年4月19号国家税务总局在综合了国税发[2008]28号、国税函[2009]221号《国家税务总局关于跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理若干问题的通知》以及国税函[2010]39号《国家税务总局关于建筑企业所得税征管有关问题的通知》的基础上，充分考虑各地对于建筑行业的实际征管状况，发布了国税函[2010]156号《国家税务总局关于跨地区经营建筑企业所得税征收管理问题的通知》。
国税函[2010]156号在延续前述文件政策的基础上又做了如下新的规定：
一、建筑企业总机构直接管理的跨地区设立的项目部，应按项目实际经营收入的0.2%按月或按季由总机构向项目所在地预分企业所得税，并由项目部向所在地主管税务机关预缴。
以上跨地区设立的项目部，仅指建筑企业跨省、自治区、直辖市和计划单列市设立的不具有二级分支机构条件的项目部，且也不属于二级或二级以下分支机构直接管理的项目经理部(包括与项目经理部性质相同的工程指挥部、合同段等)。
建筑企业跨区施工不构成分支机构，尽管由总机构统一汇算清缴，但要在项目所在地应预缴企业所得税，缴纳方式可以按照项目实际经营收入的0.2%按月或按季由总机构向项目所在地预分企业所得税，并由项目部向所在地主管税务机关预缴。
对于这种跨地区经营，应当按照国税发[2008]28号《国家税务总局关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法〉的通知》的规定，按照“统一计算，分级管理，就地预缴，汇总清算，财政调库”的办法计算缴纳企业所得税。国税函[2010]39号《国家税务总局关于建筑企业所得税征管有关问题的通知》强调，建筑企业跨地区设立的不符合二级分支机构条件的项目经理部(包括与项目经理部性质相同的工程指挥部、合同段等)，应汇总到总机构或二级分支机构统一计算，按照国税发[2008]28号文件规定的办法计算缴纳企业所得税。
2010年4月19号国家税务总局在综合了国税发[2008]28号、国税函[2009]221号《国家税务总局关于跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理若干问题的通知》以及国税函[2010]39号《国家税务总局关于建筑企业所得税征管有关问题的通知》的基础上，充分考虑各地对于建筑行业的实际征管状况，发布了国税函[2010]156号《国家税务总局关于跨地区经营建筑企业所得税征收管理问题的通知》。
国税函[2010]156号在延续前述文件政策的基础上又做了如下新的规定：
一、建筑企业总机构直接管理的跨地区设立的项目部，应按项目实际经营收入的0.2%按月或按季由总机构向项目所在地预分企业所得税，并由项目部向所在地主管税务机关预缴。
以上跨地区设立的项目部，仅指建筑企业跨省、自治区、直辖市和计划单列市设立的不具有二级分支机构条件的项目部，且也不属于二级或二级以下分支机构直接管理的项目经理部(包括与项目经理部性质相同的工程指挥部、合同段等)。
建筑企业跨区施工不构成分支机构，尽管由总机构统一汇算清缴，但要在项目所在地应预缴企业所得税，缴纳方式可以按照项目实际经营收入的0.2%按月或按季由总机构向项目所在地预分企业所得税，并由项目部向所在地主管税务机关预缴。这一条很重要，项目所在地税务机关按照项目实际经营收入的比率预征企业所得税，这一部分税款将会减少总机构所在地实际的预缴税款。例如，贵公司2010年5月累计收入总额1000万元，其中设在A省项目部收入累计700万元，1-5月累计利润总额100万元，则在A省项目部所在地主管税务机关需要预缴企业所得税700×0.2%=1.4万元。在贵公司总机构所在地预缴企业所得税100×25%-1.4=23.6万元。
二、建筑企业总机构在年度内汇总计算预缴企业应纳所得税，按照如下方式计算：
(一)总机构只设跨地区项目部的，扣除已由项目部预缴的企业所得税后，按照其余额就地缴纳;此种情况如前例所示。
(二)总机构只设二级分支机构的，按照国税发[2008]28号《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法》第十九条“总机构和分支机构应分期预缴的企业所得税，50%在各分支机构间分摊预缴，50%由总机构预缴。总机构预缴的部分，其中25%就地入库，25%预缴入中央国库，按照财预[2008]10号文件的有关规定进行分配。”规定计算总、分支机构应缴纳的税款。
需注意的是二级分支机构包括二级或二级以下分支机构直接管理的项目经理部(包括与项目经理部性质相同的工程指挥部、合同段等)。例如贵公司在甲省设立有分公司A，分公司A在甲省乙市设立有项目部B，则项目部B经营业务收入当先汇总至二级分支机构分公司A收入中，再按照国税发[2008]28号规定办法计算。
(三)总机构既有直接管理的跨地区项目部，又有跨地区二级分支机构的，先扣除已由项目部预缴的企业所得税后，再按照国税发[2008]28号文件规定计算总、分支机构应缴纳的税款。
该条计算办法汇总了前述两种情况，例如：贵公司在甲省设立有分公司A，在乙省设立项目部B，贵公司2010年5月累计收入总额1000万元，其中乙省项目部B收入累计700万元，1-5月累计利润总额100万元，则在乙省项目部所在地主管税务机关需要预缴企业所得税700×0.2%=1.4万元。累计尚需预缴企业所得税100×25%-1.4=23.6万元，这23.60万元就需要按照“统一计算，分级管理，就地预缴，汇总清算，财政调库”的原则进行预缴分配计算，在甲省分公司A所在地预缴23.60*5%=11.80万元，在总公司所在地预缴11.80万元。
三、建筑企业总机构应按照有关规定办理企业所得税年度汇算清缴，各分支机构和项目部不进行汇算清缴。总机构年终汇算清缴后应纳所得税额小于已预缴的税款时，由总机构主管税务机关办理退税或抵扣以后年度的应缴企业所得税。
延用上例，2010年度汇算清缴在总机构进行，当年度亏损100万元，在总机构所在地预缴税款20万元，在分公司所在地预缴税款10万元，乙省项目部预缴税款5万元，应当退税35万元，这35万元就只能向总机构主管税务机关办理退税或办理抵扣手续了。
四、跨地区经营的项目部(包括二级以下分支机构管理的项目部)应向项目所在地主管税务机关出具总机构所在地主管税务机关开具的《外出经营活动税收管理证明》，未提供上述证明的，项目部所在地主管税务机关应督促其限期补办;不能提供上述证明的，应作为独立纳税人就地缴纳企业所得税。同时，项目部应向所在地主管税务机关提供总机构出具的证明该项目部属于总机构或二级分支机构管理的证明文件。
建筑领域普遍存在挂靠施工，一般都是以有资质单位总公司或分公司名义进行施工。根据《中华人民共和国营业税暂行条例实施细则》第十一条“单位以承包、承租、挂靠方式经营的，承包人、承租人、挂靠人(以下统称承包人)发生应税行为，承包人以发包人、出租人、被挂靠人(以下统称发包人)名义对外经营并由发包人承担相关法律责任的，以发包人为纳税人;否则以承包人为纳税人”。挂靠单位以有资质单位名义签订施工合同，一样要以被挂靠单位名义向总机构所在地主管税务机关申请开具《外出经营活动税收管理证明》，接受工程所在地税务机关管理。另外该条所要求的“项目部应向所在地主管税务机关提供总机构出具的证明该项目部属于总机构或二级分支机构管理的证明文件”对于挂靠单位就要引起重视，其中可能存在法律风险。
五、建筑企业总机构在办理企业所得税预缴和汇算清缴时，应附送其所直接管理的跨地区经营项目部就地预缴税款的完税证明。
直接管理的跨地区经营项目部账务核算应当与总机构一致，既可以汇总核算，也可以按照项目核算，对于会计处理无影响，但要保存好跨地区经营项目部就地预缴税款的完税证明，以备税务机关核查。
六、建筑企业在同一省、自治区、直辖市和计划单列市设立的跨地(市、县)项目部，其企业所得税的征收管理办法，由各省、自治区、直辖市和计划单列市国家税务局、地方税务局共同制定，并报国家税务总局备案。
建筑施工企业所得税的征管难题不仅存在于跨省施工，在本省跨市施工同样存在税源征收管理的问题，贵公司也要注意当地的政策规定。
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