《财政部、国家税务总局关于企业清算业务企业所得税处理若干问题的通知》(财税[2009]60号)第四条规定，企业的全部资产可变现价值或交易价格，减除资产的计税基础、清算费用、相关税费，加上债务清偿损益等后的余额，为清算所得。 企业应将整个清算期作为一个独立的纳税年度计算清算所得。 第五条规定，企业全部资产的可变现价值或交易价格减除清算费用，职工的工资、社会保险费用和法定补偿金，结清清算所得税、以前年度欠税等税款，清偿企业债务，按规定计算可以向所有者分配的剩余资产。
清算所得=企业的全部资产可变现价值或者交易价格-资产计税基础-清算费用-相关税费+债务清偿损益 剩余资产=企业全部资产的可变现价值或交易价格-清算费用-职工的工资、社会保险费用和法定补偿金-结清清算所得税-以前年度欠税等税款-清偿企业债务
清算所得与剩余资产的界定，分别按上述第四条和第五条规定判断。两个概念的判定标准不同，大致来说区别主要是减项不同：清算所得要减除资产的计税基础，而剩余资产则不需要减除计税基础，但应减除清算所得税和清偿企业债务(包括工资、社保和法定补偿金、欠税、应付款)。
《财政部、国家税务总局关于企业清算业务企业所得税处理若干问题的通知》(财税〔2009〕60号)第四条规定，企业的全部可变现价值或交易价格，减除资产的计税基础、清算费用、相关税费，加上债务清偿损益等后的余额为清算所得。第五条规定，企业全部资产的可变现价值或交易价格减除清算费用，职工的工资、社会保险费用和法定补偿金，结清清算所得税、以前年度欠税等税款，清偿企业债务，按规定计算可向所得者分配的剩余资产。区别主要是：清算所得要减除资产的计税基础，而剩余资产则不需要减除计税基础，但应减除清算所得税。
a公司企业所得税清算之后，剩余财产为1000万元。清算时计算的相当于被清算企业累计未分配利润和累计盈余公积为500万元。自然人股东张某投资成本80万元，占公司股权的10%。
该公司扣缴张某利息、股息、红利所得个人所得税500×10%×20%=10(万元)，计算张某财产转让所得1000×10%-500×10%-80=-30(万元)，不用扣缴财产转让所得个人所得税。该公司财务人员认为，根据《
财政部、国家税务总局关于企业清算业务企业所得税处理若干问题的通知》(财税[2009]60号)第五条的规定，被清算企业的股东分得的剩余资产的金额，其中相当于被清算企业累计未分配利润和累计盈余公积中按该股东所占股份比例计算的部分，应确认为股息所得;剩余资产减除股息所得后的余额，超过或低于股东投资成本的部分，应确认为股东的投资转让所得或损失。张某享有的企业所得税清算时计算的相当于被清算企业累计未分配利润和累计盈余公积为500×10%=50(万元)为利息、股息、红利所得，其他部分为投资转让所得。
以上计算是否正确?答案是否定的。第一，财税[2009]60号文件规范的是企业所得税的处理，之所以这样规定，是因为企业所得税法中，符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益和在中国境内设立机构、场所的非居民企业，从居民企业取得与该机构、场所有实际联系的股息、红利等权益性投资收益是免税收入。个人所得税处理由个人所得税法和相关政策来规范。《
国家税务总局关于印发〈中华人民共和国企业清算所得税申报表〉的通知
》(国税函[2009]388号)中《剩余财产计算明细表》填报说明：其中确认为股息金额列，清算企业的非企业所得税纳税人股东不填此列。第二，《中华人民共和国公司法》第一百九十五条规定，公司财产按前款规定清偿后的剩余财产，有限责任公司按照股东的出资比例分配，股份有限公司按照股东持有的股份比例分配。剩余财产的分配中没有利润分配的概念。
因此，财税[2009]60号文件规定的剩余资产金额中的股息所得只是企业所得税法中的概念，不是个人所得税法规定的利息、股息、红利所得，企业清算剩余财产对于自然人不区分股息所得和股权转让所得，应当按照财产转让所得计算个人所得税。
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