主要有六种运作模式：公司制、信托制、有限合伙制、“公司+有限合伙”模式、“公司+信托”模式和母基金(FOF)，其中有限合伙制在市场化经济中运用较为广泛。
有限合伙制私募股权基金的法律依据为《合伙企业法》(2006年)、《创业投资企业管理暂行办法》(2006年)以及相关的配套法规。按照《合伙企业法》的规定，有限合伙企业由二个以上五十个以下合伙人设立，由至少一个普通合伙人(GP)和有限合伙人(LP)组成。普通合伙人(GP，General Partner)泛指股权投资基金的管理机构或众多创造自然人，普通合伙人对合伙企业债务承担无限连带责任。有限合伙人(LP，Limited Partner)不执行合伙事务，也不对外代表有限合伙企业，只以其认缴的出资额为限对合伙企业债务承担责任空间。同时《合伙企业法》规定，普通合伙人可以劳务出资，而有限合伙人则不得以劳务出资。这一规定明确地承认了作为管理人的普通合伙人的智力资本的价值，迅速体现了有限合伙制“有钱出钱、有力出力”的优势。而在运行上，有限合伙制企业，不委托管理公司进行资金管理腾达，直接由普通合伙人进行资产管理和运作企业事务。采取有限合伙制的主要优点有：(1)财产独立于各合伙人的个人财产，各合伙人权利义务更加明确，激励效果较好;(2)仅对合伙人进行征税，避免了双重征税。
私募股权基金中投资人通常作为有限合伙人，以出资为限对基金债务承担有限责任，不直接参与管理;而基金管理人以普通合伙人的身份对基金进行管理并对合伙企业债务承担无限责任。这种合作模式可以促使一般合伙人为基金实现增值勤勉谨慎地履行管理义务，从而降低了投资者的风险。LP主要通过GP对投资基金的管理实现投资资金的增值与退出，双方的有效交流与合作是实现投资资本持续增值的重要保障。简而言之，有限合伙人不直接参与具体管理，投资决策、投资战略都是一般合伙人在做;在投资具体项目中，一旦一般合伙人涉及利益冲突或者关联交易，年底资产评估与实际不符等，有限合伙人则应承担监管责任。监管并非取而代之，涉足具体业务，而是以监督的方式充分发挥其监管职能。有限合伙人需要加强对一般合伙人勤勉义务的监管，降低基金的投资风险，实现基金的良性运作。
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