我公司总机构已被认定为高新技术企业，适用企业所得税税率为15%。2010年初我公司在外省成立分支机构(企业所得税税率为25%)，企业所得税并入总机构缴纳，该分支机构是否还需要在当地预缴企业所得税?如果需要在当地预缴，我公司应如何缴纳总分机构的企业所得税?
根据《国家税务总局跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法》(国税发〔2008〕28号)规定，居民企业在中国境内跨地区设立不具有法人资格的营业机构、场所(分支机构)的，该居民企业为汇总纳税企业，汇总纳税企业实行“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库”的企业所得税征收管理办法。企业总机构统一计算包括企业所属各个不具有法人资格的营业机构、场所在内的全部应纳税所得额、应纳税额。总机构、分支机构应分月或分季分别向所在地主管税务机关申报预缴企业所得税。
因此，上述公司在外省成立的分支机构企业所得税应由总机构统一计算，但该分支机构仍应向所在地主管税务机关申报预缴企业所得税。同时，国税发〔2008〕28号文件第十三条规定，新设立的分支机构，设立当年不就地预缴企业所得税。
另外，上述公司被认定为高新技术企业后，总机构和分支机构统一计算应纳税额，并适用15%的税率。如果分支机构是在取得高新技术企业证书之后设立的，按照《科技部、财政部、国家税务总局关于印发〈高新技术企业认定管理办法〉的通知》(国科发火〔2008〕172号)第十四条规定，应在15日内向认定管理机构报告，变化后不符合规定条件的，应自当年起终止其高新技术企业资格。
分清需就地分摊缴纳企业所得税的分支机构
根据《国家税务总局关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法〉的公告》(国家税务总局公告2012年第57号，以下简称57号公告)第四条规定，总机构和具有主体生产经营职能的二级分支机构，就地分摊缴纳企业所得税。
其中，二级分支机构，是指汇总纳税企业依法设立并领取非法人营业执照(登记证书)，且总机构对其财务、业务、人员等直接进行统一核算和管理的分支机构。
同时，57号公告第十六条规定，总机构设立具有主体生产经营职能的部门，且该部门的营业收入、职工薪酬和资产总额与管理职能部门分开核算的，可将该部门视同一个二级分支机构。
有五类二级分支机构，不就地分摊缴纳企业所得税。其中包括：
1.不具有主体生产经营职能，且在当地不缴纳增值税、营业税的产品售后服务、内部研发、仓储等汇总纳税企业内部辅助性的二级分支机构;
2. 上年度认定为小型微利企业的;
3. 当年新设立的二级分支机构;
4. 当年撤销的二级分支机构;
5. 汇总纳税企业在中国境外设立的不具有法人资格的二级分支机构。
计算各分支机构分摊的比例
总机构应按照上年度分支机构的营业收入、职工薪酬和资产总额三个因素计算各分支机构分摊所得税款的比例，三因素的权重依次为0.35、0.35、0.30。
具体计算公式为：某分支机构分摊比例=(该分支机构营业收入÷各分支机构营业收入之和)×0.35+(该分支机构职工薪酬÷各分支机构职工薪酬之和)×0.35+(该分支机构资产总额÷各分支机构资产总额之和)×0.30。
计算各分支机构分摊的税额
汇总纳税企业按照《企业所得税法》规定汇总计算的企业所得税，包括预缴税款和汇算清缴应缴应退税款，50%在各分支机构间分摊，各分支机构根据分摊税款就地办理缴库或退库;50%由总机构分摊缴纳。
各分支机构按期季度预缴税款
企业所得税分月或者分季预缴，由总机构所在地主管税务机关具体核定。汇总纳税企业应根据当期实际利润额，按照57号公告规定的预缴分摊方法计算总机构和分支机构的企业所得税预缴额，分别由总机构和分支机构就地预缴;
在规定期限内按实际利润额预缴有困难的，也可以按照上一年度应纳税所得额的1/12或1/4，按照57号公告规定的预缴分摊方法计算总机构和分支机构的企业所得税预缴额，分别由总机构和分支机构就地预缴。预缴方法一经确定，当年度不得变更。
分支机构根据总机构年度汇算清缴情况，分摊应缴或应退税额
汇总纳税企业应当自年度终了之日起五个月内，由总机构汇总计算企业年度应纳所得税额，扣除总机构和各分支机构已预缴的税款，计算出应缴应退税款，按照57号公告规定的税款分摊方法计算总机构和分支机构的企业所得税应缴应退税款，分别由总机构和分支机构就地办理税款缴库或退库。
我们再说一下目前总分公司的企业所得税政策的具体规定吧！
根据国家税务总局公告2012年第57号，总公司对应的概念是总机构、汇总纳税企业;分公司对应的概念是二级分支机构。
对于跨地区(指跨省、自治区、直辖市和计划单列市)经营的汇总纳税企业，企业所得税实行“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库”的管理办法。
统一计算，是指总分机构一并来计算企业所得税的应纳税所得额和应纳税额。
分级管理，是指总机构和分支机构应分别接受机构所在地主管税务机关的管理。
就地预缴，是指总分机构分别向所在地主管税务机关申报预缴企业所得税。
汇总清算，是指在年度终了后，总机构统一计算汇总纳税企业的年度应纳税所得额、应纳税额，抵减总机构、分支机构当年已就地分期预缴的企业所得税款后，多退少补。
财政调库，和企业没有什么关系，不要考虑。
对于没有跨地区(也就是在同一省、自治区、直辖市和计划单列市)经营的汇总纳税企业，企业所得税征收管理办法，由各省税务机关参照上述办法制定相应的管理办法。所以全部在本省范围内的，要关注当地的政策规定。
此外，单位纳税人办理税务登记，在填写《税务登记表》时，有一项填写内容为“核算方式”。内容共有两个选项，分别是“独立核算”和“非独立核算”。
这里的“独立核算”与“非独立核算”，是对企业设立的不具有法人资格的分支机构而言的。
法人企业，必须“独立核算”。
分支机构的“独立核算”和“非独立核算”到底是怎么一回事？
“独立核算”是指分支机构单独对其业务经营活动过程及其成果进行全面、系统的会计核算。单独设置会计机构并配备会计人员，并有完整的会计工作组织体系。
“非独立核算”是指分支机构没有完整的会计凭证和会计账簿体系，只记录部分经济业务所进行的会计核算，全面核算任务由总机构完成。
分支机构采用“独立核算”或者“非独立核算”，是企业内部管理的要求，不是税务机关的要求。
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