一、对印花税的影响
根据国家税务总局公布的《关于资金账簿印花税问题的通知》在“记载资金的账簿”上的印花税计税依据改为“实收资本”与“资本公积”两项的合计金额。
因此，企业对于未按期缴纳的注册资本，如果未进行账务处理，则“实收资本”未增加，是不需要缴纳印花税的。
二、对企业所得税的影响
如果企业未按期缴纳注册资本，那么，从银行融资相当于投资者实缴资本额与在规定期限内应缴资本额的差额应计付的利息，根据国税函〔2009〕312号规定，其不属于企业合理的支出，应由企业投资者负担，不得在计算企业应纳税所得额时扣除。
当然，由于实缴登记制下的“应缴资本额”与认缴登记制下的“应缴资本额”的基数是不一样的。所以具体操作时，各地可能会产生较大的差异，需要纳税人与当地税务机关进一步沟通或进一步关注新政策的出台。
三、对个人所得税的影响
如果财务人员对未收到股东的注册资本在会计上进行了相关的核算处理，如：“借：其他应收款--xx股东，贷：实收资本--xx股东”。
1、对于增加的“实收资本”要按照实收资本金额提前缴纳印花税;
2、对于挂在“其他应收款”账户中股东未按期缴纳的注册资本，视为自然人股东向公司借款。
根据财政部、国家税务总局《关于规范个人投资者个人所得税征收管理的通知》(财税[2003]158号)规定：纳税年度内个人投资者从其投资企业(个人独资企业、合伙企业除外)借款，在该纳税年度终了后既不归还，又未用于企业生产经营的，其未归还的借款可视为企业对个人投资者的红利分配，依照“利息、股息、红利所得”项目计征个人所得税。
因此，注册资本实缴制改为认缴制后，对于自然人股东未按期缴纳的注册资本不用进行账务处理，否则将存在多项纳税风险。
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