一、计划审计工作阶段
在计划审计阶段，主要工作是针对审计业务制定总体审计策略和具体审计计划，了解企业的基本信息，收集有关证据，将审计风险降至可接受的低水平。
(一)在审计程序方面，应做好以下工作：
1、针对保持客户关系和具体审计业务实施相应的质量控制程序;
2、在了解基本情况(包括企业性质、会计政策的选用和运用、经营目标、战略、财务业绩等方面)的基础上，填写基本情况表，评价遵守职业道德规范的情况。
3、就业务约定书和主要条款与被审计单位达成一致理解，特别是针对被审计单位经营管理者(管理层)的会计责任、治理结构(层)可能存在的问题及其沟通方式等内容进行协商的基础上，签定审计业务约定书，对没有经过了解、洽谈、协商的项目，不能直接实施审计。
4、对未审计财务报表进行分析性测试工作、实施风险分析评价;
5、在实施上述程序的基础上，编制总体审计策略和具体审计计划。
(二)在审计证据方面，应重点收集以下证据：
1、被审计单位负责人和会计人员已签字和盖公章的财务报表及其附表;
2、被审计单位加盖公章的企业法人营业执照复印件及其相关的行政许可证件复印件;
3、被审计单位的验资报告、资产评估报告和相关中介机构出具的报告复印件，并由提供材料的经办人签字确认后加盖被审计单位公章;
4、被审计单位的内部控制制度和有关组织机构和基本资料;
5、重要和长期的经济合同、纳税文件资料等。
二、审计实施阶段
在审计实施阶段，对小企业的审计，注册会计师应当针对评估的财务报表层次重大错报风险确定总体应对措施，并针对评估的认定层次重大错报风险设计和实施进一步审计程序，以将审计风险降至可接受的低水平。但由于小企业可能不存在能被注册会计师识别的控制活动，注册会计师实施的进一步审计程序主要是实持性审计程序。而在缺乏控制的情况下，注册会计师应当考虑仅通过实施实质性程序是否能够获取充分、适当的审计证据。
1、货币资金和实收资本项目的审计程序，无论什么情况，都不能简化。并重点做好以下工作：
① 对自然人出资组建的有限公司，由于对现金的收入内部制度可能存在很大缺陷，很多企业现金收支数额较大，库存现金余额也大，但又无法实施现金盘点程序，此时注册会计师必须检查有无将公司现金以个人名义开立储蓄存款帐户，并在现金盘点表及其相关工作底稿中记录清楚不能盘点的原因、理由以及被审计单位的书面说明;
②银行存款项目和相关的银行借款必须实施函证工作，但有依据掌握被审计单位没有银行借款的情况下，可以以银行加盖印章的对帐单复印件作为审计证据;
③实收资本项目审计，必须与验资报告进行核对，检查原验资的有关货币资金出资凭证是否入账，在编制“实收资本(投资主体)明细表”基础上，与实收资本核对是否一致，是否与有关法律文件(如章程)规定一致等。
2、往来款项(包括应收账款、预付账款、其他应收款、应付账款、预收账款、其他应付款等)项目的审计程序，必须坚持函证程序，确实不能函证的，可以采用替代程序，但必须按照“一户一表”的要求实施替代检查程序，并追溯到以前年度，必要时复印有关原始凭证，不能追溯检查的明细项目，应当将不能追溯检查的情况记录在审定表中。对股东和他人借款，如果借款手续(有合同、有内部审批手续、付款凭证合规等)合法，借款事由成立，在没有其他有力证据支持的情况下，不能界定为抽逃注册资本，但如果金额过大，占注册资本的10%以上或借款时间超过一年的，应当在审计报告意见段披露其审计情况。此外，对于应收账款、预付账款、其他应收款如果账龄超过一年以上，应当关注其能否收回，是否存在潜在的坏账损失，如存在，应估计坏账损失并作出相应的调整事项，不能估计的，应当在审计报告意见段披露其审计情况。
3、存货项目的审计程序，由于不同的企业类型，存货性质不同，所以对存货的审计应当区别企业类型后，再根据具体情况实施审计程序。
(1)制造行业和流通行业的存货审计，主要包括存货采购成本、存货发出的计价测及期末存货的计价等，对存货采购成本的审计，应注意制造行业和流通行业的成本开支差异，并关注其内容是否符合成本开支范围，采购凭证是否符合会计核算的基本要求，对存货发出的计价测试应关注是否符合企业制定的会计政策、是否遵循一贯性原则等，对期末存货的计价，主要考虑是否存在存货跌价损失。
(2)房地产开发企业的存货审计，由于存货项目的内容与制造行业差异较大，审计时应当特别关注房地产开发项目投资和成本开支内容合法性，并注意以下审计程序和证据：
①开发项目是否具有合法的土地使用权，并收集土地使用权证明文件;
②开发项目是否具有投资计划和城市规划手续，收集有关文件资料备查;
③开发项目是否具有施工许可证，完工项目是否具有竣工验收手续等资料，并收集有关文件资料备查;
④成本开支范围是否符合国家规定的成本费用构成内容。
(3)建筑企业存货的审计，主要包括“工程施工”项目核算的直接材料费、直接人工费、其他直接费的审计，以及为工程施工而发生的机械作业费用、直接费用、现场经费等，但不包括企业为组织和管理施工而发生的管理费用、为销售活动而发生的促销费用等，也不包括按照《建造合同》准则已确认为主营业务收入相匹配而结转到损益中的工程成本内容。
4、长期股权投资项目的审计程序，一定要关注其是否对被投资企业实质上拥有控股权。通常情况下，小企业对其他单位的投资占该单位有表决权资本总额的20%或20%以上，或虽投资不足20%但具有重大影响的，应当采用权益法核算。企业对其他单位的投资占该单位有表决权资本的20%以下，或对其他单位的投资虽占该单位有表决权资本总额的20%或20%以上，但不具有重大影响的，应当采用成本法核算。
对于采用权益法核算的，应当收集被投资企业的财务报告及其审计报告作为审计证据，没有审计报告的至少应当收集企业财务会计报告等相关审计证据。
对于采用成本法核算的，也要关注被投资企业的财务会计报告信息和投资收益情况。
5、固定资产及其累计折旧项目的审计程序，对拥有固定资产项目的企业，必须对固定资产的产权归属和计提折旧等情况进行审计，特别是用固定资产作为注册资本验资的企业，应当重点关注房屋、车辆和土地使用权是否过户在被审计单位名下，如没有过户，应当获取被审计单位说明没有过户或正在办理过户的情况说明或者声明。对固定资产的折旧审计，必须进行测试，包括计提时间范围是否符合规定等，此外还应当关注其使用状况，是否存在它项权利等重要情况。
6、在建工程项目项目审计程序，最关键的是要注意借款利息费用的处理是否符合会计准则的规定和要求，涉及的有关利息计算依据，应当附有银行的借款合同、借款凭证复印件。在审计方法上要与长短期借款审计程序联系起来一并实施审计。对于已经交付使用的在建工程项目，应当按照会计准则规定暂估入固定资产账并计提固定资产折旧。
7、待摊和预提费用项目审计程序，要结合费用发生的会计期间和其费用载体的收益期进行审计。
8、银行长短期借款项目的审计程序，应将借款的银行、类型(借款条件——是否抵押担保等)、期限、利率、本金等基本情况信息记录在审计工作底稿中、对于借款利息难以计算的项目，可以直接向银行函证，对于已经到期的银行长期借款及其利息，应当作重分类处理。
9、房地产开发企业预收账款项目的特殊审计程序，对房地产开发企业采用预售方式收取的售房款，如果房屋已经交付购房者，价款已经收取，只是没有开具发票结算，应当将预售款提出调整分录，对税务机关按照预售款一定比例收取的税收，属于缴纳行为，按照缴纳税款的会计处理规定处理。
10、主营业务收入和相关税金项目的审计程序，由于审计对象中自然人出资组建的有限公司较多，很多企业可能存在收入入账不完整和税收方面的审计风险，所以对于收入入账依据的检查一定要注意原始凭证的延续性、合法性，如果审计中发现异常情况，而我们又无法实施相应的审计程序，应当将审计情况记录在工作底稿中，并作为不能确认事项在审计报告意见段披露。
ll、期间费用——营业费用、管理费用、财务费用等项目的审计程序，期间费用的审计，一定要先对被审计单位的明细核算资料进行分析，有重点、有目的地进行抽查。
①凡是能够在其他业务循环(或财务报表项目审计)中实施审计程序的，如工资和福利费用、工会经费、养老保险等费用的检查和审计，可以结合应付工资、应付福利费的审计程序进行;坏账准备、无形资产摊销等可以结合应收账款、无形资产等项目的审计程序进行。低值易耗品摊销、存货盘盈盘亏、存货跌价损失准备等项目的审计可以结合存货的审计程序进行;
②对业务招待费、办公费、差旅费、水电费、修理费、物料消耗、房产税、土地使用税、车船使用税、印花税等通过货币资金方式支付的费用开支的审计，可以结合货币资金的审计程序进行抽查会计凭证确认;
③财务费用的审计可以结合长短期借款的审计程序进行;
④运输费、包装费、保险费、广告费等项目的审计可以结合销售(服务)收入的审计程序进行。
12、其他项目的审计程序，可以结合该项目在财务报表中的重要性以及风险评估的要求进行，还有的项目可以结合业务循环
进行，如主营业务成本等项目的审计可以结合存货的发出计价测试进行，投资收益项目审计可以结合长期股权投资等项目的审计程序进行。
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