根据《企业所得税法》及其实施条例，以及《国家税务总局关于印发〈特别纳税调整实施办法(试行)〉的通知》(国税发〔2009〕2号)的相关规定，对企业作出特别纳税调整的，应对2008年1月1日以后发生交易补征的企业所得税税款，按日加收利息，计息期间自税款所属纳税年度的次年6月1日起至补缴(预缴)税款入库之日止。
例如，税务机关对企业2008年度的关联交易实施转让定价调查调整并补征税款，企业2009年9月1日补税入库，那么此笔税款的计息期间应为2009年6月1日～2009年9月1日。要补征的利息=(4.86%+5%)÷365×93天×补征税款，其中4.86%为2008年12月31日实行的中国人民银行6个月以内(含6个月)人民币贷款基准利率。企业提供同期资料和其他相关资料的，可只按基准利率计算利息。
1.加收利息的对象。是指税务机关在本年度对企业上年度因发生的对外投资、关联关系以及从事其他不具有合理商业目等活动而对其不合理价格、成本、费用、收入、所得进行特别纳税调整而应该补缴的税款，不是依法律法规规定对其他不允许列支、扣除，或限制列支、扣除，或不列少列收入等而进行纳税调整增加的税款。
2.加收利息的起始时间。是指在6月1日以后缴纳的税款，在5月31日以前缴纳的不加收利息。
3.加收利息的标准。按照税款所属纳税年度中国人民银行公布的与补税期间同期的人民币贷款基准利率加5个百分点计算。一是选择适当所属期的利率，如7月1日调整的利率，做出纳税调整的是5月份发生的业务，就应该使用6月30日前的利率。二是选择适当的利率档次，如做出纳税调整的是2月份发生的业务，就应该使用一年以上的利率，而不能使用半年或一年以内的利率。
4.注意免除追加5个百分点利率的条件。《实施条例》第一百二十二条第二款规定，企业依照税法规定在进行年度所得税申报和税务机关在进行关联业务调查时提供有关资料的，可以只按人民币贷款基准利率计算利息，不再追加5个百分点利息。具体应提供有的关资料有：
(1)年度关联业务往来报告表;
(2)与关联业务往来有关的价格、费用的制定标准、计算方法和说明等同期资料;
(3)关联业务往来所涉及的财产、财产使用权、劳务等的再销售(转让)价格或者最终销售(转让)价格的相关资料;
(4)与关联业务调查有关的其他企业应当提供的与被调查企业可比的产品价格、定价方式以及利润水平等资料;
(5)与其关联方分摊成本时的有关资料;
(6)其他与关联业务往来有关的资料;
5.对加的收利息不予税前准扣除的规定。《实施条例》第一百二十一条第二款规定，因特别纳税调整补税而加收的利息不得在计算应纳税所得额时扣除。
6.税务机关有权做出特别纳税调整的时限。《实施条例》第一百二十三条规定，企业与其关联方之间的业务往来，或者企业实施其他不具有合理商业目的调整时间为在该业务发生的纳税年度起10年以内，但按税收征管法第五十二条第三款规定，属于偷税的，税务机关追征其未缴或者少缴的税款、滞纳金的时间，不受法律其他规定期限的限制。
根据《企业所得税法》及其实施条例，以及《国家税务总局关于印发〈特别纳税调整实施办法(试行)〉的通知》(国税发〔2009〕2号)的相关规定，对企业作出特别纳税调整的，应对2008年1月1日以后发生交易补征的企业所得税税款，按日加收利息，计息期间自税款所属纳税年度的次年6月1日起至补缴(预缴)税款入库之日止。例如，税务机关对企业2008年度的关联交易实施转让定价调查调整并补征税款，企业2009年9月1日补税入库，那么此笔税款的计息期间应为2009年6月1日~2009年9月1日。要补征的利息=(4.86%+5%)÷365×93天×补征税款，其中4.86%为2008年12月31日实行的中国人民银行6个月以内(含6个月)人民币贷款基准利率。企业提供同期资料和其他相关资料的，可只按基准利率计算利息。
一、根据《中华人民共和国企业所得税法》(中华人民共和国主席令第63号)第四十八条规定：“税务机关依照本章规定作出纳税调整，需要补征税款的，应当补征税款，并按照国务院规定加收利息。”
二、根据《中华人民共和国企业所得税法实施条例》(国务院令第512号)一百二十一条规定：“税务机关根据税收法律、行政法规的规定，对企业作出特别纳税调整的，应当对补征的税款，自税款所属纳税年度的次年6月1日起至补缴税款之日止的期间，按日加收利息。 前款规定加收的利息，不得在计算应纳税所得额时扣除。”
三、根据《中华人民共和国企业所得税法实施条例》(国务院令第512号)第一百二十二条规定：“企业所得税法第四十八条所称利息，应当按照税款所属纳税年度中国人民银行公布的与补税期间同期的人民币贷款基准利率加5个百分点计算。 企业依照企业所得税法第四十三条和本条例的规定提供有关资料的，可以只按前款规定的人民币贷款基准利率计算利息。”
四、根据《国家税务总局关于发布<特别纳税调查调整及相互协商程序管理办法>的公告》(国家税务总局公告2017年第6号)规定：“第四十四条 税务机关对企业实施特别纳税调整的，应当根据企业所得税法及其实施条例的有关规定对2008年1月1日以后发生交易补征的企业所得税按日加收利息。 特别纳税调查调整补缴的税款，应当按照应补缴税款所属年度的先后顺序确定补缴税款的所属年度，以入库日为截止日，分别计算应加收的利息额：
(一)企业在《特别纳税调查调整通知书》送达前缴纳或者送达后补缴税款的，应当自税款所属纳税年度的次年6月1日起至缴纳或者补缴税款之日止计算加收利息。企业超过《特别纳税调查调整通知书》补缴税款期限仍未缴纳税款的，应当自补缴税款期限届满次日起按照税收征管法及其实施细则的有关规定加收滞纳金，在加收滞纳金期间不再加收利息;
(二)利息率按照税款所属纳税年度12月31日公布的与补税期间同期的中国人民银行人民币贷款基准利率(以下简称基准利率)加5个百分点计算，并按照一年365天折算日利息率;
(三)企业按照有关规定提供同期资料及有关资料的，或者按照有关规定不需要准备同期资料但根据税务机关要求提供其他相关资料的，可以只按照基准利率加收利息。 经税务机关调查，企业实际关联交易额达到准备同期资料标准，但未按照规定向税务机关提供同期资料的，税务机关补征税款加收利息，适用本条第二款第二项规定。 第四十五条 企业自行调整补税且主动提供同期资料等有关资料，或者按照有关规定不需要准备同期资料但根据税务机关要求提供其他相关资料的，其2008年1月1日以后发生交易的自行调整补税按照基准利率加收利息。”
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