所谓“滞留票”就是销售方开具了发票，开票系统已经做抄税处理，而且已经将这部分收入申报纳税，但是却没有购货方的认证信息。这可能存在以下几种情况：
购货方购入的货物属于固定资产，因此没有认证并抵扣，而是全额计入固定资产，因此没有认证信息。
由于没有在180天的认证期认证，造成无法认证并抵扣，只有全额计入原材料或库存商品，因此没有认证信息。
购货方现金支付货款，货物没有入账，体外循环，以达到偷税的目的，我想你企业可能就是这种情况，因此税务机关要求你将这部分货物补交增值税。如果确实是这种情况，税务机关只补缴了增值税未补缴企业所得税(可能是地税负责所得税吧)和罚款应该是从清处理了。补缴的增值税只能自己企业的税后利润负担了。
账务处理方法
提税时：
借：利润分配——未分配利润
贷：应交税费——应交增值税(销项税额)
缴税时：
借：应交税费——应交增值税(已交税金)
贷：银行存款
根据《增值税一般纳税人资格认定管理办法》(国家税务总局令第22号)第三条规定，增值税纳税人，年应税销售额超过财政部、国家税务总局规定的小规模纳税人标准的，除另有规定外，应当向主管税务机关申请一般纳税人资格认定。所称年应税销售额，是指纳税人在连续不超过12个月的经营期内累计应征增值税销售额，包括免税销售额。
另据《国家税务总局关于明确〈增值税一般纳税人资格认定管理办法〉若干条款处理意见的通知》(国税函〔2010〕139号)规定，认定办法第三条所称年应税销售额，包括纳税申报销售额、稽查查补销售额、纳税评估调整销售额、税务机关代开发票销售额和免税销售额。稽查查补销售额和纳税评估调整销售额计入查补税款申报当月的销售额，不计入税款所属期销售额。
所以，企业应将这部分查补销售额计入申报当月销售额中，作为增值税一般纳税人年应税销售额的认定基数。
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