根据国家税务总局《关于增值税一般纳税人支付的货物运输代理费用不得抵扣进项税额的批复》(国税函〔2005〕54号)规定，国际货物运输代理业务是国际货运代理企业作为委托方和承运单位的中介人，受托办理国际货物运输和相关事宜并收取中介报酬的业务。因此，增值税一般纳税人支付的国际货物运输代理费用，不得作为运输费用抵扣进项税额。另外，财政部、国家税务总局《关于增值税若干政策的通知》(财税〔2005〕165号)规定，一般纳税人取得的国际货物运输代理业发票和国际货物运输发票，不得计算抵扣进项税额。
根据《关于国际货物运输代理服务有关增值税问题的公告》(国家税务总局公告2014年第42号)规定：自2014年9月1日起，纳税人通过其他代理人，间接为委托人办理货物的国际运输、从事国际运输的运输工具进出港口、联系安排引航、靠泊、装卸等货物和船舶代理相关业务手续，免征增值税。
购进免税货物取得增值税抵扣凭证(向国有粮食企业购进免税粮食除外)，其进项税额不允许抵扣。所以出口企业(包含生产企业和外贸企业)取得的代理海运费发票不可以抵扣增值税进项税额。
根据《增值税暂行条例》及实施细则的有关规定，增值税的地域适用范围是中华人民共和国境内，鉴于进口货物企业取得运输发票，运输劳务的承运起运地在境外，不属于在境内提供应税劳务，因此，取得国外的运输发票不能抵扣增值税进项税额。
2014年9月1日以前，外贸型出口企业取得的代理海运费也不允许抵扣进项税额。文件依据：《国家税务总局关于出口商品支付的国内运费税款抵扣问题的批复》(国税函[1997]441号)：外贸企业其外销货物实行的是出口退税管理办法，是增值税免税的一种方式，属于增值税免税货物，因此，其外销货物所发生的运输费用不得计算进项税额予以抵扣。
货物运输属于“营改增”范围，一般纳税人提供货物运输服务统一使用货物运输业专用发票，如果海运费是提供沿海运输(即在中国沿海各港口间的海上运输)服务发生的，按“营改增”政策规定，一般纳税人可以开具货运专用发票。受票方符合其他条件的，海运费进项税额可以抵扣。
如果海运费是国际货运产生的，能否开具货运专用发票呢?对此，依据增值税暂行条例第二十一条第二款的规定销售货物或者应税劳务适用免税规定的不得开具增值税专用发票。另外，由国家税务总局关于发布《营业税改征增值税试点地区适用增值税零税率应税服务免抵退税管理办法(暂行)》的公告也可推断，国际货运不应开具货运专用发票而应使用普通发票，受票方不能抵扣海运费的进项税额。
同时，《国家税务总局关于修订〈增值税专用发票使用规定〉的通知》(国税发〔2006〕156号)规定，销售免税货物不得开具专用发票，法律、法规及国家税务总局另有规定的除外。尽管这里国际运输是“服务”，与货物不同，但是增值税的原则应该是一致的。
综上所述，国际货物运输产生的海运费是不能抵扣增值税进项税额的;同时认为，因中国船运公司对外提供国际运输劳务，适用零税率，所以应使用普通发票而不应当开具增值税专用发票
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