根据国家税务总局印发的《出口货物退(免)管理办法》(国税发〔1994〕31号)规定，来料加工复出口的货物免征增值税，不办理退税。按照上述规定及《增值税暂行条例》中有关免税货物的规定，来料加工复出口货物在国内采购的辅助材料，既不能办理退税也不能作为进项税额抵扣，只能作成本处理。
依据现行出口货物税收政策的规定，来料加工复出口货物免征增值税、消费税;对从事来料加工复出口业务的出口企业，为生产或加工复出口的免税货物而购进的已税原材料、辅料等，其进项税额不能抵扣和办理出口退税，应单独核算并转入来料加工经营成本中;若不能单独核算应税、非应税项目的进项税额，应按规定依销售比例分摊应税、非应税项目耗用的原材料等的进项税额。据此，企业为来料加工复出口的货物而耗用的国内原材料费用，只要取得正规发票即可计入来料加工经营成本税前扣除。
进料加工是指有进出口经营权企业，用外汇购买进口原材料、元器件、零部件和包装材料，经生产加工成成品或半成品返销出口的业务。进料加工贸易，海关一般对进口材料按85%或95%的比例免税或全额免税，货物出口按“免、抵、退”计算退(免)增值税。
来料加工由外商提供一定的原材料、元器件、零部件，由我方加工企业根据外商要求进行加工装配，成交外商销售，由我方收取加工费的业务。来料加工贸易，海关对进口材料全额免税，货物出口免征增值税、消费税，加工企业加工费免征增值税、消费税，出口货物耗用国内材料支付进项税金不得抵扣计入成本。
有三种计算方法：
现行政策规定计算转出的进项税额。
按产量法计算转出进项税额。
按成本法计算转出的进项税额。
计算方法不同，导致计算转出的不得抵扣的进项税额差异较大。因此，企业应根据产品附加值、重量、质量等合理选择计算方法。
来料加工、来件装配业务在国内加工过程归集的成本主要有三部分：一是加工、装配过程中耗用的辅助材料、国内配套的原材料，可按产品类型单独归集，加工企业在购进过程中一般取得增值税普通发票，无增值税进项税额。二是加工、装配过程中耗用的低值易耗品、包装物等辅料，加工企业在购进过程中取得增值税专用发票，有增值税进项税额。三是分摊的水、电、燃料等制造费用。
财务制度规定，制造费用的分配标准一般有六种：(一)生产工人工时比例法;(二)生产工人工资比例法;(三)机器工时比例法;(四)耗用原材料的数量或成本比例法;(五)直接成本(材料、生产工人工资等职工薪酬之和)比例法;(六)产成品产量比例法。
加工企业日常账务处理中，为简化手续，对耗用的辅助材料、燃料、动力等费用大多采用产成品产量比例法。这就导致了加工企业对来料加工业务进项税额转出的金额与账面归集的耗用国内辅助材料成本对应的进项税额出现较大差异。差异的原因在于：账面归集耗用国内辅助材料的成本是实际耗用成本，而进项税额转出计算的依据则是当月无法划分的全部进项税额×当月免税项目销售额、非增值税应税劳务营业额与当月全部销售额、营业额的比例。来料加工业务因只有加工费收入，外商提供的海关免征进口环节增值税的材料和国内采购没有取得进项发票的货物不构成收入主体，导致分摊转出的进项税额不合理。
不同计算方法对进项税转出的影响
以××公司为例。该企业从事来料加工、一般贸易及内销业务，2013年度总销售收入27826万元，其中来料加工免税收入6397万元。生产来料加工产品5733吨，应税产品产量为10081吨，总产量15814吨。来料加工免税业务不归集原材料成本，归集人工、水、电、辅助材料等成本为5548万元，应税产品生产成本为18112万元(其中原材料成本约为10121万元)，来料加工业务及应税产品总成本为23660万元。耗用的水、电、燃料、辅助材料等总金额为1719万元，其负担的年内各月无法划分的进项税额合计为292万元。
1.现行政策规定计算转出的进项税额。
按增值税实施条例二十六条规定，企业于每月免税收入发生时计算当月应转出的进项税额，全年按年内各月无法划分的进项税额合计292万元计算实际转出进项税额各月合计为68万元。
2.按产量法计算转出进项税额。
按实际生产产量计算应转出的进项税额=5733.4÷15814.1×292≈106(万元)，比企业按收入法确定的不得抵扣的进项税额多出106-68=38(万元)。
3.按成本法计算转出的进项税额。
每吨产品不含辅料的生产成本=10121÷10081≈1(万元);来料加工产品不含辅料的生产成本=1×5733=5733(万元);来料加工产品生产成本=5733+5548=11281(万元);应税产品的生产成本为18112万元;则不得抵扣的进项税额为=11281÷(18112+11281)×292≈112(万元);企业少转金额=112-68=44(万元)。
从以上计算可以看出，按产量法计算应转出的进项税额为106万元，按成本法计算应转出的进项税额为112万元，相差6万元，基本一致，按现行增值税实施条例二十六条规定计算转出进项税额为68万元。按产量法、成本法计算企业应转出的进项税额比按收入法计算多转出38万元、44万元。
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