1、营业税方面：
《国家税务总局关于印发<营业税问题解答(之一)>的通知》(国税函发〔1995〕156号)，相关规定如下：(一)土地使用权和房屋所有权相互交换，双方都取得了拥有部分房屋的所有权。在这一合作过程中，甲方以转让部分土地使用权为代价，换取部分房屋的所有权，发生了转让土地使用权的行为;乙方则以转让部分房屋的所有权为代价，换取部分土地的使用权，发生了销售不动产的行为。因而合作建房的双方都发生了营业税的应税行为。对甲方应按"转让无形资产"税目中的"转让土地使用权"子目征税;对乙方应按"销售不动产"税目征税。由于双方没有进行货币结算，因此应当按照《中华人民共和国营业税暂行条例实施细则》第十五条的规定分别核定双方各自的营业额。如果合作建房的双方(或任何一方)将分得的房屋销售出去，则又发生了销售不动产行为，应对其销售收入再按"销售不动产"税目征收营业税。
2、土地增值税方面：
《财政部 国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》(财税字〔1995〕48号) 规定："二、关于合作建房的征免税问题对于一方出地，一方出资金，双方合作建房，建成后按比例分房自用的，暂免征收土地增值税;建成后转让的，应征收土地增值税。"
两个单位合作建房，一方出地，一方出资金，建成后按比例分房自用，是否需要缴纳土地增值税?根据《财政部、国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》(财税〔1995〕48号)第二条规定，对于一方出地，一方出资金，双方合作建房，建成后按比例分房自用的，暂免征收土地增值税。
【纳税事项】：转让国有土地使用权、地上的建筑物及其附着物并取得收入，是指以出售或者其他方式有偿转让房地产的行为。不包括以继承、赠与方式无偿转让房地产的行为。国有土地，是指按国家法律规定属于国家所有的土地。地上的建筑物，是指建于土地上的一切建筑物，包括地上地下的各种附属设施。附着物，是指附着于土地上的不能移动，一经移动即遭损坏的物品。
【计算公式】：应纳土地增值税=增值额×税率(具体内容在“土地增值税的计算方法” 中介绍)
【纳税期限】：纳税人应自转让房地产合同签订之日起七日内向税务机关申报纳税。
【纳税地点】：向房地产所在地主管税务机关办理纳税申报，并在税务机关核定的期限内缴纳土地增值税。纳税人转让房地产座落在两个或两个以上地区的，应按房地产所在地分别申报纳税。
【提交资料】：向税务机关提交房屋及建筑物产权、土地使用权证书，土地转让、房产买卖合同，房地产评估报告及其他与转让房地产有关的资料。
【税款清算】：纳税人在项目全部竣工结算前转让房地产取得的收入，由于涉及成本确定或其他原因，而无法据以计算土地增值税的，可以预征土地增值税，待该项目全部竣工、办理结算后再进行清算，多退少补。具体办法由各省、自治区、直辖市地方税务局根据当地情况制定。
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