根据《中华人民共和国印花税暂行条例施行细则》的规定，按金额比例贴花的应税凭证，未标明金额的，应按照凭证所载数量及国家牌价计算金额，没有国家牌价的，按市场价格计算金额，然后按规定税率计算应纳税额。
根据《关于印花税若干具体问题的规定》(国税地字【1988】25号)的规定，有些合同在签订时无法确定计税金额，如技术转让合同中的转让收入，是按销售收入的一定比例收取或是按实现利润分成的;财产租赁合同，只是规定了月(天)租金标准而却无租赁期限的。对这类合同，可在签订时先按定额5元贴花，以后结算时再按实际金额计税，补贴印花。
一、问：施工结束后，建筑工程施工合同金额如果与竣工后结算金额不一样，是否需要补交印花税？
答：根据《国家税务局关于印花税若干具体问题的规定》(〔1988〕国税地字第25号)文件规定，“9.某些合同履行后，实际结算金额与合同所载金额不一致的，应否补贴印花?依照印花税暂行条例规定，纳税人应在合同签订时按合同所载金额计税贴花。”
值得注意的是，根据《中华人民共和国印花税暂行条例》(国务院令1988年第11号)文件第九条规定，已贴花的凭证，修改后所载金额增加的，其增加部分应当补贴印花税票。
所以关键看是否修改已贴花的凭证。
二、问：我公司签订的一份合同，既有销售项目的金额，又有加工项目的金额，印花税应如何计算缴纳？
答：《印花税暂行条例实施细则》第十七条规定，同一凭证，因载有两个或者两个以上经济事项而适用不同税目税率，如分别记载金额的，应分别计算应纳税额，相加后按合计税额贴花;如未分别记载金额的，按税率高的计税贴花。“
因此，这项合同既有销售和加工项目的同一份合同，应分别按购销合同和加工承揽合同税目，分别按购销金额万分之三贴花和按加工或承揽收入万分之五贴花。
三、问：印花税计税金额是否包含增值税？
答：一般来说，如果合同既记载不含税金额又记载增值税金额，且分别记载的，计税金额按不含税金额填报;如果合同所载金额中包含增值税金额，但未分别记载的，以合同所载金额(即含税金额)填报。
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