知识产权代理费，包括专利申请费、年费等;商标注册申请费、变更费、续展费等;版权著作权申请费等。
如果该公司不是知识产权代理公司，不以知识产权代理费为营业收入，而是一般的生产、服务型企业，那么知识产权代理费对于该公司而言属于“营业费用”，在“营业费用”科目中按费用项目设置明细进行核算。计入当期期间费用，代理费不符合资本化条件的，只能作为期间费用处理。
会计法规定:
自行开发并按法律程序申请取得的无形资产，按依法取得时发生的注册费、聘请律师等费用，做为无形资产的实际成本。
在研究开发过程中发生的材料费用、直接参与开发人员的工资、福利费等，直接记入当期损益。
申请专利的费用按会计法规定应该计入无形资产的实际成本。
知识产权服务，是指处理知识产权事务的业务活动。对于差额征税比较合适的应该是一般纳税人，因为对于小规模纳税人来说，支付给试点地区纳税人的款项是不能被扣除，只能扣除支付非试点地区纳税人的款项，如果是一般纳税人虽然也是不能扣除支付给试点地区纳税人的款项但是可以按照抵减进项税的方式处理，总比小规模合适。关于账务处理，一般纳税人和小规模纳税人略有不同小规模纳税人提供应税服务，试点期间按照营业税改征增值税有关规定允许从销售额中扣除其支付给非试点纳税人价款的，按规定扣减销售额而减少的应交增值税应直接冲减“应交税费——应交增值税”科目。
企业接受应税服务时，按规定允许扣减销售额而减少的应交增值税，借记“应交税费——应交增值税”科目，按实际支付或应付的金额与上述增值税额的差额，借记“主营业务成本”等科目，按实际支付或应付的金额，贷记“银行存款”、“应付账款”等科目。对于期末一次性进行账务处理的企业，期末，按规定当期允许扣减销售额而减少的应交增值税，借记“应交税费——应交增值税”科目，贷记“主营业务成本”等科目。一般纳税人提供应税服务，试点期间按照营业税改征增值税有关规定允许从销售额中扣除其支付给非试点纳税人价款的，应在“应交税费——应交增值税”科目下增设“营改增抵减的销项税额”专栏，用于记录该企业因按规定扣减销售额而减少的销项税额;
同时，“主营业务收入”、“主营业务成本”等相关科目应按经营业务的种类进行明细核算。企业接受应税服务时，按规定允许扣减销售额而减少的销项税额，借记“应交税费——应交增值税(营改增抵减的销项税额)”科目，按实际支付或应付的金额与上述增值税额的差额，借记“主营业务成本”等科目，按实际支付或应付的金额，贷记“银行存款”、“应付账款”等科目。对于期末一次性进行账务处理的企业，期末，按规定当期允许扣减销售额而减少的销项税额，借记“应交税费——应交增值税(营改增抵减的销项税额)”科目，贷记“主营业务成本”等科目。根据《营业税税目注释(试行稿)》(国税发〔1993〕149号)中“代理业，是指代委托人办理受托事项业务”的规定，专利代理机构从事专业代理业务，并取得代理费收入的行为，应按“服务业”税目“代理业”项目征收营业税。
《国家税务总局关于营业税若干问题的通知》(国税发〔1995〕76号)第四条规定“代理业的营业额为纳税人从事代理业务向委托方实际收取的报酬”，专利代理机构从事专利代理业务如符合上述规定，以其向委托方实际收取的报酬为营业额计征营业税。
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