根据《国家税务总局关于印发〈土地增值税清算管理规程〉的通知》(国税发〔2009〕91号)第十九条第一项规定，房地产开发企业将开发产品用于职工福利、奖励、对外投资、分配给股东或投资人、抵偿债务、换取其他单位和个人的非货币性资产等，发生所有权转移时应视同销售房地产，其收入按下列方法和顺序确认：1.按本企业在同一地区、同一年度销售的同类房地产的平均价格确定。2.由主管税务机关参照当地当年、同类房地产的市场价格或评估价值确定。
答，根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例》及实施细则相关规定：
转让国有土地使用权、地上的建筑物及其附着物并取得收入的单位和个人，为土地增值税的纳税义务人，应当依照本条例缴纳土地增值税。
转让国有土地使用权、地上的建筑物及其附着物并取得收入，是指以出售或者其他方式有偿转让房地产的行为，纳税人转让房地产所取得的收入，包括货币收入、实物收入和其他收入。
那么，房地产开发企业土地增值税清算时，出现以下三种情形该如何确认土地增值税收入呢?
情形一、全额开具商品房销售发票
某房地产有限公司销售给甲公司一栋商用办公楼，合同总金额1200万元(不含税)，发票开具不含税金额也是1200万元，但甲公司尚有100万元的购房款一直未支付。那么在进行土地增值税清算时，该房地产公司收入额应按多少确认?
根据《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》(国税函〔2010〕220号)规定：
土地增值税清算时，已全额开具商品房销售发票的，按照发票所载金额确认收入。
该房地产公司销售的商品房虽然未全额收到购房款，但因按全额开具了商品房发票，因此应按照不含税价格1200万元确认土地增值税收入。
情形二、未开具发票或未全额开具发票
某房地产有限公司销售了两套商品房，甲套商品房合同金额200万元(不含税)，由于客户只交了首付款30%，因此发票也只开了60万元;乙套商品房合同金额150万元(不含税)，客户同样只交了首付款30%，但该房地产公司尚未开具发票。那么在进行土地增值税清算时，针对甲、乙两套商品房收入额应按多少确认?
根据 《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》(国税函〔2010〕220号)规定：
未开具发票或未全额开具发票的，以交易双方签订的销售合同所载的售房金额及其他收益确认收入。
因此，该房地产有限公司销售的甲乙两套商品房，合同总金额合计350万元(不含税)，虽然客户只交了首付款，房地产公司仅开具了部分发票，但在进行土地增值税清算时，按上述规定，则应按照合同约定的总金额350万元(不含税)确认为土地增值税收入。
情形三、销售合同面积与实际测量面积不一致
某房地产开发有限公司与客户签订商品房销售合同，销售合同所载商品房面积为120平方米，房屋达到交付条件后，经有关部门实际测量后发现面积为126平方米，针对该问题经与客户协商后，客户补缴了6万元(不含税)的购房款。那么，针对客户补缴的6万元(不含税)购房款在土地增值税清算时收入额如何确认?
根据 《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》(国税函〔2010〕220号)规定：
销售合同所载商品房面积与有关部门实际测量面积不一致，在清算前已发生补、退房款的，应在计算土地增值税时予以调整。
因此，该房地产开发有限公司收到的客户补缴的6万元(不含税)购房款，在土地增值税清算时应予以调整。
一、根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例》(国务院令第138号)第二条规定：“转让国有土地使用权、地上的建筑物及其附着物(以下简称转让房地产)并取得收入的单位和个人，为土地增值税的纳税义务人(以下简称纳税人)，应当依照本条例缴纳土地增值税。”
二、根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》(财法字〔1995〕6号)第五条规定：“条例第二条所称的收入，包括转让房地产的全部价款及有关的经济收益。”
三、根据《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》(国税函〔2010〕220号)规定：“一、关于土地增值税清算时收入确认的问题
土地增值税清算时，已全额开具商品房销售发票的，按照发票所载金额确认收入;未开具发票或未全额开具发票的，以交易双方签订的销售合同所载的售房金额及其他收益确认收入。销售合同所载商品房面积与有关部门实际测量面积不一致，在清算前已发生补、退房款的，应在计算土地增值税时予以调整。”
四、根据《关于营改增后契税 房产税 土地增值税 个人所得税计税依据问题的通知》(财税〔2016〕43号)第三条第一款规定：“土地增值税纳税人转让房地产取得的收入为不含增值税收入。”
第六条规定：“在计征上述税种时，税务机关核定的计税价格或收入不含增值税。
本通知自2016年5月1日起执行。”
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