(一)人民法院特定主管原则。即人民法院对税务行政案件只有部分管辖权。根据《行政诉讼法》第十一条的规定，人民法院只能受理因具体行政行为引起的税务行政争议案。
(二)合法性审查原则。除审查税务机关是否滥用权力、税务行政处罚是否显失公正外，人民法院只对具体税务行为是否合法予以审查，并不审查具体税务行为的适当性。与此相适应，人民法院原则上不直接判决变更。
(三)不适用调解原则。税收行政管理权是国家权力的重要组成部分，税务机关无权依自己意愿进行处置，因此，人民法院也不能对税务行政诉讼法律关系的双方当事人进行调解。
(四)起诉不停止执行原则。即当事人不能以起诉为理由而停止执行税务所作出的具体行政行为，如税收保全措施和税收强制执行措施。
(五)税务机关负举证责任原则。由于税务行政行为是税务机关单方依一定事实和法律作出的，只有税务机关最了解作出该行为的证据。如果税务机关不提供或不能提供证据，就可能败诉。
(六)由税务机关负责赔偿的原则。依据《中华人民共和国国家赔偿法》(以下简称《国家赔偿法》)的有关规定，税务机关及其工作人员因执行职务不当，给当事人造成人身及财产损害，应负担赔偿责任。
人民法院对受理的税务行政案件。经过调查、收集证据、开庭审理之后。分别作出如下判决：
1.维持判决。适用于具体行政行为证据确凿，适用法律、法规正确，符合法定程序的案件。
2.撤销判决。被诉的具体行政行为主要证据不足，适用法律、法规错误，违反法定程序，或者超越职权、滥用职权，人民法院应判决撤销或部分撤销，同时可判决税务机关重新作出具体行政行为。
3. 履行判决。税务机关不履行或拖延履行法定职责的，判决其在一定期限内履行。
4. 变更判决。税务行政处罚显失公正的，可以判决变更。
税收行政诉讼的认定和处理，是需要严格基于诉讼的不同类型来进行认定的，法律上也明确规定了行政诉讼的具体程序，如果对有关行政诉讼的相关事项不清楚的，可以向行政机关的工作人员以及法院的工作人员咨询了解。
1、新的税务行政诉讼时效可自收到不予受理裁决书之日起十五日内，就复议机关不予受理的裁决本身向人民法院起诉。
2、复议申请人对复议决定不服的，可以自接到复议决定书之日起十五日内向人民法院起诉。
3、纳税人和其他税务当事人对税务机关作出的税收保全措施、强制执行措施及行政处罚行为不服，可以在接到处罚通知书之日起或者国家税务机关采取税收保全措施、强制执行措施之日起三个月内向人民法院起诉。
从税务行政与税务行政复议及其他行政诉讼活动的比较中可以看出，税务行政诉讼具有以下特殊性：
(一)税务行政诉讼是由人民法院进行审理并作出裁决的一种诉讼活动。这是税务行政诉讼与税务行政复议的根本区别。税务行政复议和税务行政诉讼是解决税务行政争议的两条重要途径。由于税务行政争议范围广、数量多、专业性强，大量税务行政争议由税务机关以税务复议方式解决，只有由人民法院对税务进行审理并作出裁决的活动，才是税务行政诉讼。
(二)税务行政诉讼以解决税务行政争议为前提，这是行政诉讼与其他行政诉讼活动的根本区别，具体体现在：
1.被告必须是税务机关，或经法律、法规授权的行使税务行政管理权的组织，而不是其他行政机关或组织。
2.税务行政诉讼解决的争议发生在税务行政管理过程中。
3.因税款征纳问题发生的争议，当事人在向人民法院提起行政诉讼前，必须先经税务行政复议程序，即复议前置。
除共有原则外(如人民法院独立行使审判权，实行合议、回避、公开、辩论、两审、终审等)，税务行政诉讼还必须和其他行政诉讼一样，遵循以下几个特有原则：
(一)人民法院特定主管原则。即人民法院对税务行政案件只有部分管辖权。根据《行政诉讼法》第十一条的规定，人民法院只能受理因具体行政行为引起的税务行政争议案。
(二)合法性审查原则。除审查税务机关是否滥用权力、税务行政处罚是否显失公正外，人民法院只对具体税务行为是否合法予以审查，并不审查具体税务行为的适当性。与此相适应，人民法院原则上不直接判决变更。
(三)不适用调解原则。税收行政管理权是国家权力的重要组成部分，税务机关无权依自己意愿进行处置，因此，人民法院也不能对税务行政诉讼法律关系的双方当事人进行调解。
(四)起诉不停止执行原则。即当事人不能以起诉为理由而停止执行税务所作出的具体行政行为，如税收保全措施和税收强制执行措施。
(五)税务机关负举证责任原则。由于税务行政行为是税务机关单方依一定事实和法律作出的，只有税务机关最了解作出该行为的证据。如果税务机关不提供或不能提供证据，就可能败诉。
(六)由税务机关负责赔偿的原则。依据《中华人民共和国国家赔偿法》(以下简称《国家赔偿法》)的有关规定，税务机关及其工作人员因执行职务不当，给当事人造成人身及财产损害，应负担赔偿责任。
税务行政诉讼是指当事人对于税务机关和税务工作人员的行政违法行为，依法向法院提起行政诉讼，由法院对具体的事项进行审查，并作出裁决。税收行政诉讼是有期限规定的，需要根据法律规定的期限进行诉讼。税务行政诉讼的原则包括：人民法院特定主管原则，合法性审查原则，不适用调解原则等。
