税务机关对丢失普通发票的纳税人，可以按《发票管理办法》第三十六条“违反发票管理法规的行为包括：(五)未按照规定保管发票的”情形，由税务机关责令限期改正，可以并处1万元以下的罚款。
《中华人民共和国发票管理办法》第二十九条规定：已经开具的发票存根联和发票登记簿应当保存5年。保存期满后报经税务机关查验后销毁。否则情节严重的将被处以最高3万元罚款。如果不慎将发票丢失，应于发现当日书面报告税务机关并登报声明作废，以争取从轻处罚。
1、丢失已开具的增值税专用发票。
如果丢失的是发票联和抵扣联，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件到主管税务机关进行认证，认证相符的凭该专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证;如果仅仅丢失发票联，可将专用发票抵扣联作为记账凭证，专用发票抵扣联复印件留存备查;如果丢失抵扣联导致无法认证，可使用专用发票发票联到主管税务机关认证。
2、丢失已经开具的普通发票。
增值税普通发票丢失后，如果没有税务机关的同意，复印件等证明材料是不能作为税前扣除凭据的。如果纳税人丢失发票联，应取得原签发单位盖有公章的证明，并注明原来发票号码、金额和内容等，由经办单位负责人批准后，才能代作原始凭证。同样的，也需要书面报告主管税务机关，并做登报作废说明。
综上所述，增值税发票不同于普通发票，丢失后如果不及时作废的话可能导致国家税收的减少。企业丢失发票属于保管不当，税务部门可能做出行政处罚，丢增值税发票罚金标准是一万元以下。已经开具的发票丢失了，企业要到当地的税务机关办作废手续，需要提供遗失声明、原发票记账联等材料。
法院在税收诉讼中的主要任务，是对具体的涉税执法行为的合法性进行审查，包括征税机关的法定职权、作出具体涉税执法行为的事实和法律依据等内容。
《中华人民共和国税收征收管理法》
第八十八条纳税人、扣缴义务人、纳税担保人同税务机关在纳税上发生争议时，必须先依照税务机关的纳税决定缴纳或者解缴税款及滞纳金或者提供相应的担保，然后可以依法申请行政复议;对行政复议决定不服的，可以依法向人民法院起诉。
当事人对税务机关的处罚决定、强制执行措施或者税收保全措施不服的，可以依法申请行政复议，也可以依法向人民法院起诉。
当事人对税务机关的处罚决定逾期不申请行政复议也不向人民法院起诉、又不履行的，作出处罚决定的税务机关可以采取本法第四十条规定的强制执行措施，或者申请人民法院强制执行。
(1)税务机关作出的征税行为：一是征收税款;二是加收滞纳金;三是审批减免税和出口退税;四是税务机关委托扣缴义务人作出的代扣代收税款行为。
(2)税务机关作出的责令纳税人提交纳税保证金或者纳税担保行为。
(3)税务机关作出的行政处罚行为：一是罚款;二是没收违法所得;三是停止出口退税权。
(4)税务机关作出的通知出境管理机关阻止出境行为。
(5)税务机关作出的税收保全措施：一是书面通知银行或者其他金融机构暂停支付存款;二是扣押、查封商品、货物或者其他财产。
(6)税务机关作出的税收强制执行措施：一是书面通知银行或者其他金融机构扣缴税款;二是拍卖所扣押、查封的商品、货物或者其他财产抵缴税款。
(7)认为符合法定条件申请税务机关颁发税务登记证和发售发票，税务机关拒绝颁发、发售或者不予答复的行为。
(8)税务机关的复议行为：一是复议机关改变了原具体行政行为;二是期限届满，税务机关不予答复。
总的来说，在税收案件中，人民法院的审查范围要根据行政相对人提起行政诉讼的原因分析，行政相对人的诉讼请求能否得到法院的支持，也要根据税收案件的详细情况分析。
