根据《财政部、国家税务总局关于营业税若干政策问题的通知》(财税〔2003〕16号)第二条第七项规定，单位和个人转让在建项目时，不管是否办理立项人和土地使用人的更名手续，其实质是发生了转让不动产所有权或土地使用权的行为。对于转让在建项目行为应按以下办法征收营业税：
1.转让已完成土地前期开发或正在进行土地前期开发，但尚未进入施工阶段的在建项目，按“转让无形资产”税目中“转让土地使用权”项目征收营业税。
2.转让已进入建筑物施工阶段的在建项目，按“销售不动产”税目征收营业税。
在建项目是指立项建设但尚未完工的房地产项目或其他建设项目。该文件第三条第二十项规定，单位和个人销售或转让其购置的不动产或受让的土地使用权，以全部收入减去不动产或土地使用权的购置或受让原价后的余额为营业额。
买方：
契税(3%)、印花税(万分之五)
1、按产权转移书据(合同)所载金额缴纳0.05%的印花税。
2、按成交价格(合同)缴纳3%的契税(有的地方是5%)。应由买方缴纳，依据《中华人民共和国契税暂行条件》及地方政府的有关规定。契税暂行条例规定：在中华人民共和国境内转移土地、房屋权属，承受的单位和个人为契税的纳税人
卖方：
根据《财政部、国家税务总局关于营业税若干政策问题的通知》(财税[2003]16号)文第二条第七款规定，“单位和个人转让在建项目时，不管是否办理立项人和土地使用人的更名手续，其实质是发生了转让不动产所有权或土地使用权的行为。对于转让在建项目行为应按以下办法征收营业税：
1、转让已完成土地前期开发或正在进行土地前期开发，但尚未进入施工阶段的在建项目，按“转让无形资产”税目中“转让土地使用权”项目征收营业税。
2、转让已进入建筑物施工阶段的在建项目，按“销售不动产”税目征收营业税。在建项目是指立项建设但尚未完工的房地产项目或其它建设项目。”
该文第三条第二十款规定，“单位和个人销售或转让其购置的不动产或受让的土地使用权，以全部收入减去不动产或土地使用权的购置或受让原价后的余额为营业额。”
所以，在转让在建工程时不能将转让收入扣除已支付的工程款计算缴纳营业税，而应按上述《通知》中有关转让在建项目征收营业税的规定计算缴纳营业税。同时还应缴纳土地增值税、城建税、教育费附加、企业所得税。
营业税税率5%，城建税、教育费附加、地方教育附加分别为营业税税额的7%、3%、1%，企业所得税(25%)。
土地增值税：
1、按取得收入减除规定扣除项目金额后的增值额，缴纳土地增值税。
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