税款抵扣制的做法主要如下：
1、首先，用纳税人在纳税期内销售货物的销售额乘以适用税率，计算出销售货物的整体税金（销项税额）。
2、然后，扣除当期购进商品已纳的增值税税款（进项税额），其余额即为纳税人应纳的增值税税额。
进项税额的确定，可依据取得的增值税专用发票上注明税款，或依据其他合法扣税凭证计算得到，比较简便易行，为大多数国家所采用。
实施增值税的国家，在实际计算税款时，很难准确地划分企业增值项目和非增值项目，所以不是先求出各生产经营环节的增值额并据以纳税，而是采用税款抵扣制。
