补缴企业所得税的税率应按照企业已缴税费的税率计算，通常为25%和20%，并由主管税务机关根据企业是否属于小型微利等性质或企业所属的行业类别决定是否减按税率征收。企业在完成税费的补缴和取得完税凭证后，应接受主管税务机关的处罚，并根据一定的比例向税务机关缴纳税费滞纳金。
在会计实务中，若属于当年补缴情况的企业所得税，可以通过“所得税费用”科目和“应交税费”科目进行补计提和补缴的会计处理；若属于跨年补缴的情况，则可以通过“以前年度损益调整”科目和“应交税费”科目处理。
