税务稽查检查企业以下重点问题：
1、增值税零申报问题：长期零申报时间长达6个月，税务机关会核查企业是否存在隐匿收入等问题；
2、税负率异常问题：即针对企业税负率异常情况进行评估并调查波动原因；
3、进项发票对比问题：审核企业发票内容是否和实际发生的业务信息一致；
4、税收优惠企业认定问题：核查企业是否存在享受优惠政策虚报经营的状况；
5、农产品发票抵扣问题：防止企业虚开农产品发票抵扣进项税额；
6、发票用量差异问题：核查企业领用的发票数量、种类等情况与实际发票用量是否符合。
